featureCounts中怎么實現(xiàn)定量分析操作

本篇文章給大家分享的是有關(guān)featureCounts中怎么實現(xiàn)定量分析操作，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學(xué)習，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。

featureCounts集成在subreads 軟件中, 類似 word 和 office 的關(guān)系, subreads 這個軟件也有對應(yīng)的 R包Rsubreads。

featureCounts 需要兩個輸入文件：

1. 比對產(chǎn)生的BAM/ SAM文件

2. 區(qū)間注釋文件

   
   

對于區(qū)間文件而言，支持以下兩種格式

1. GTF 格式

2. SAF 格式

   
   

GTF格式在之前的文章中詳細介紹過，這里看下SAF格式，示例如下

GeneID    Chr    Start    End    Strand
497097    chr1    3204563    3207049    -
497097    chr1    3411783    3411982    -
497097    chr1    3660633    3661579    -

就是\t分隔的5列文件，記錄了基因的染色體上的區(qū)間和正負鏈信息。

在featureCounts 軟件中，有兩個核心概念：

1. feature

2. metafeature

   
   

feature指的是基因組區(qū)間的最小單位，比如exon; 而metafeature可以看做是許多的feature構(gòu)成的區(qū)間，比如屬于同一個gene的外顯子的組合。

在定量的時候，支持對單個feature 定量(對外顯子定量), 也支持對meta-feature 進行定量(對基因進行定量)。

當reads 比對到2個或者以上的features 時，默認情況下，featureCounts在統(tǒng)計時會忽略到這部分reads, 如果你想要統(tǒng)計上這部分reads, 可以添加-O 參數(shù)，此時一條reads 比對到多個feature， 每個feature 定量時，都會加1，對于meta-features 來說，如果比對到多個features 屬于同一個 meta-features(比如一條reads比對到了exon, 但這些exon 屬于同一個gene), 則對于這個gene 而言，只會計數(shù)1次。

總之，不管對于feature 還是meta-feature, 只有比對多個不同的區(qū)間時，才會分別計數(shù)。

features 支持對單個樣本定量，還支持對多個樣本進行歸一化。單個樣本定量的用法如下

featureCounts 
-T 5  \ 
-t exon \ 
-g gene_id \
-a annotation.gtf \
-o counts.txt \
mapping.sam

多個樣本歸一化的用法如下

featureCounts \
-t exon \
-g gene_id \
-a annotation.gtf \
-o counts.txt \
 library1.bam library2.bam library3.bam

-a參數(shù)指定的區(qū)間注釋文件，默認是gtf格式;-T參數(shù)指定線程數(shù)，默認是1;-t參數(shù)指定想要統(tǒng)計的feature的名稱,取值范圍是gtf 文件中的第3列的值，默認是exon;-g參數(shù)  指定想要統(tǒng)計的meta-feature的名稱，取值范圍參考gtf第9列注釋信息，gtf的第9列為key=value的格式，-g參數(shù)可能的取值就是所有的key, 默認值是gene_id。

輸出的表達量文件內(nèi)容示意如下

# Program:featureCounts v1.6.0; Command:"./featureCounts" "-T" "20" "-t" "exon" "-g" "gene_id" "-a" "hg19.gtf" "-o" "gene" "accepted_hits.bam"
Geneid Chr Start End Strand Length accepted_hits.bam
DDX11L1 chr1;chr1;chr1 11874;12613;13221 12227;12721;14409 +;+;+ 1652 0

#號開頭的注釋行,記錄了運行的命令；Geneid開頭的行是表頭，Geneid代表統(tǒng)計的meta-features的名稱，Chr,Start,End對應(yīng)染色體上的位置，Strand代表正負鏈，由于一個基因有多個外顯子構(gòu)成，所以這里的染色體位置信息有多個，和外顯子個數(shù)一一對應(yīng)。

Length 該區(qū)間的長度，最后一列的表頭是你的輸入文件的名稱，代表的是這個meta-feature的表達量。

以上就是featureCounts中怎么實現(xiàn)定量分析操作，小編相信有部分知識點可能是我們?nèi)粘９ぷ鲿姷交蛴玫降?。希望你能通過這篇文章學(xué)到更多知識。更多詳情敬請關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。