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怎么使用R語言篩選基因

發(fā)布時間：2022-03-18 14:46:15 來源：億速云 閱讀：1068 作者：小新 欄目：開發(fā)技術(shù)

這篇文章給大家分享的是有關(guān)怎么使用R語言篩選基因的內(nèi)容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。

篩選基因

基因表達數(shù)據(jù)矩陣，輸入數(shù)據(jù)截圖怎么使用R語言篩選基因

代碼部分：

myfpkm<-read.table("All_gene_fpkm.txt",header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE,row.names=1)
head(myfpkm)
myfpkm[order(rowSums(myfpkm),decreasing=T)[1:5000],]  #篩選表達量高的前5000個基因
myfpkm[rowSums(myfpkm)>1,]  #篩選掉表達量低的基因

minRowFPKM=rowMeans(myfpkm)>2  #按平均數(shù)篩選
minNumFPKM=rowSums(myfpkm>0)>10 #表達量不為0的樣品個數(shù)篩選
myfpkm=myfpkm[minRowFPKM & minNumFPKM,] #聯(lián)合一下

感謝各位的閱讀！關(guān)于“怎么使用R語言篩選基因”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學(xué)到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！

向AI問一下細節(jié)

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