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R語言方差分解實(shí)例分析

發(fā)布時(shí)間：2022-03-21 10:18:30 來源：億速云 閱讀：701 作者：iii 欄目：開發(fā)技術(shù)

本文小編為大家詳細(xì)介紹“R語言方差分解實(shí)例分析”，內(nèi)容詳細(xì)，步驟清晰，細(xì)節(jié)處理妥當(dāng)，希望這篇“R語言方差分解實(shí)例分析”文章能幫助大家解決疑惑，下面跟著小編的思路慢慢深入，一起來學(xué)習(xí)新知識(shí)吧。

方差分解分析（Variance Partitioning Analysis）

確定最佳環(huán)境因子組合之后，進(jìn)行分解分析，

#P+Hb+eGFR
vpa <- varpart(otu, env['P'], env[c('Hb')],env[c('eGFR')],chisquare = FALSE)
vpa
plot(vpa, digits = 2, Xnames = c('P', 'Hb',"eGFR"), bg = c('blue', 'red',"orange"))

參數(shù) chisquare = TRUE，執(zhí)行 CCA 的變差分解；默認(rèn)情況下 chisquare = FALSE，即執(zhí)行 RDA 的變差分解

注：如果 varpart() 不支持 CCA，請(qǐng)更新 R 版本（如 R3.6 的 vegan）

分成兩組（DOC 為一組，AP 和 AK為另一組）環(huán)境變量

cca_vp <- varpart(otu, env['DOC'], env[c('AP', 'AK')], chisquare = TRUE)

讀到這里，這篇“R語言方差分解實(shí)例分析”文章已經(jīng)介紹完畢，想要掌握這篇文章的知識(shí)點(diǎn)還需要大家自己動(dòng)手實(shí)踐使用過才能領(lǐng)會(huì)，如果想了解更多相關(guān)內(nèi)容的文章，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。

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