R語言的univariate_cox_batch.r怎么用

本文小編為大家詳細介紹“R語言的univariate_cox_batch.r怎么用”，內(nèi)容詳細，步驟清晰，細節(jié)處理妥當(dāng)，希望這篇“R語言的univariate_cox_batch.r怎么用”文章能幫助大家解決疑惑，下面跟著小編的思路慢慢深入，一起來學(xué)習(xí)新知識吧。

univariate_cox_batch.r  基因表達量批量單因素cox回歸分析

使用說明：

輸入生存數(shù)據(jù)與基因表達量可以做批量單因素cox回歸分析

$ Rscript $scriptdir/univariate_cox_batch.r --h
usage:  univariate_cox_batch.r [-h] -m metadata -g
                                                         expset [-t time]
                                                         [-e event]
                                                         [-l pvalue]
                                                         [-b blocksize]
                                                         [--log2] [-o outdir]
                                                         [-p prefix]
batch unvariate cox regression gene expression
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -m metadata, --metadata metadata
                        input metadata file path with suvival time [required]
  -g expset, --expset expset
                        input gene expression set file [required]
  -t time, --time time  set suvival time column name in metadata [default
                        TIME]
  -e event, --event event
                        set event column name in metadata [default EVENT]
  -l pvalue, --pvalue pvalue
                        pvalue cutoff to choose sig gene [default 0.01]
  -b blocksize, --blocksize blocksize
                        Number of variables Parallel to test in each [default
                        2]
  --log2                whether do log2 transfrom for expression data
                        [optional, default: False]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default cox]

參數(shù)說明：

-m 輸入生存數(shù)據(jù)：

event 列： 0表示事件沒有發(fā)生，1表示事件發(fā)生；  0表示alive，1表示死亡；

-g 輸入基因表達量文件

使用舉例：

Rscript $scriptdir/univariate_cox_batch.r -m metadata_survival_time.tsv \
   -g deg_gene_exp_tpm.tsv  -e EVENT -t TIME -p  imm.unicox  --pvalue 0.01

批量cox分析 結(jié)果：

讀到這里，這篇“R語言的univariate_cox_batch.r怎么用”文章已經(jīng)介紹完畢，想要掌握這篇文章的知識點還需要大家自己動手實踐使用過才能領(lǐng)會，如果想了解更多相關(guān)內(nèi)容的文章，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。