基于SNP芯片進(jìn)行CNV分析中的基本知識(shí)點(diǎn)是什么

本篇文章為大家展示了基于SNP芯片進(jìn)行CNV分析中的基本知識(shí)點(diǎn)是什么，內(nèi)容簡(jiǎn)明扼要并且容易理解，絕對(duì)能使你眼前一亮，通過(guò)這篇文章的詳細(xì)介紹希望你能有所收獲。

檢測(cè)CNV有多種技術(shù)手段，常見(jiàn)的有以下三種

1. aCGH芯片

2. SNP芯片

3. NGS測(cè)序

   
   

本文主要介紹SNP芯片檢測(cè)CNV的原理，本質(zhì)是基于染色體區(qū)域內(nèi)的SNP分型結(jié)果來(lái)判斷對(duì)應(yīng)的拷貝數(shù)，示意圖如下

對(duì)于每個(gè)SNP位點(diǎn)的兩個(gè)allel, 分別用A和B來(lái)表示，A代表ref allel, B代表alt allel。在上述示意圖中，紅色區(qū)域表示一段雜合性缺失LOH區(qū)域，該區(qū)域?yàn)閱慰截?，每個(gè)位點(diǎn)分型結(jié)果只有一個(gè)allel, 藍(lán)色區(qū)域表示一個(gè)3拷貝，每個(gè)位點(diǎn)分型有3個(gè)allel, 通過(guò)位點(diǎn)分型結(jié)果，可以判斷出對(duì)應(yīng)染色體區(qū)域的拷貝數(shù)。在理解這幅圖之前，先來(lái)講解以下兩個(gè)基本概念。

SNP芯片的分型是通過(guò)比較A/B兩種allel對(duì)應(yīng)的熒光信號(hào)強(qiáng)度的比值來(lái)確定的，同樣的，為了更好的描述CNV, 也定義了以下兩個(gè)統(tǒng)計(jì)值

1. LRR

LRR全稱(chēng)是log R ratio， 公式如下

R代表的是A和B兩個(gè)allel熒光信號(hào)強(qiáng)度的總和，observed是實(shí)驗(yàn)樣本中實(shí)際檢測(cè)到的數(shù)值，exprected是通過(guò)算法擬合的值，代表正常樣本的檢測(cè)值。

LRR類(lèi)似aCGH芯片中的Log2 ratio, 表征的是相對(duì)正常樣本的拷貝數(shù)變化情況。該值為0，表示拷貝數(shù)沒(méi)有異常，為二拷貝，大于0， 表示拷貝數(shù)增加，小于0，表示拷貝數(shù)減少。

2. BAF

BAF全稱(chēng)是B allel frequency, 表示兩個(gè)allel信號(hào)強(qiáng)度的比值，公式如下

從上述定義可以看出來(lái)，BAF取值范圍為0-1， 0代表只檢測(cè)到了A這個(gè)allel對(duì)應(yīng)的熒光信號(hào)，分型結(jié)果為AA, 1代表只檢測(cè)到了B這個(gè)allel的熒光信號(hào)，分型結(jié)果為BB; 0.5代表A和B兩個(gè)allel的熒光信號(hào)強(qiáng)度相等，分型結(jié)果為AB。

值得一提的是，雖然分型結(jié)果只會(huì)有3種，但是BAF的取值可以在0-1的范圍內(nèi)波動(dòng)，應(yīng)為熒光信號(hào)強(qiáng)度會(huì)有一定的擾動(dòng)。

需要注意的是，這里的熒光信號(hào)強(qiáng)度都是歸一化之后的。通過(guò)BAF和LRR兩個(gè)統(tǒng)計(jì)值，借助算法可以判斷對(duì)應(yīng)區(qū)域的拷貝數(shù)，圖示如下

有很多的軟件可以基于SNP芯片的數(shù)據(jù)進(jìn)行CNV的分析，比如使用的非常廣泛的PennCNV, QuantiSNP等，借助高密度的SNP芯片，可以實(shí)現(xiàn)更高分辨率的CNV檢測(cè)，同時(shí)檢測(cè)拷貝數(shù)，LOH,UPD等結(jié)構(gòu)變異事件。

上述內(nèi)容就是基于SNP芯片進(jìn)行CNV分析中的基本知識(shí)點(diǎn)是什么，你們學(xué)到知識(shí)或技能了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或者豐富自己的知識(shí)儲(chǔ)備，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。