怎么使用OncodriveCLUST識(shí)別驅(qū)動(dòng)基因

本篇文章為大家展示了怎么使用OncodriveCLUST識(shí)別驅(qū)動(dòng)基因，內(nèi)容簡(jiǎn)明扼要并且容易理解，絕對(duì)能使你眼前一亮，通過(guò)這篇文章的詳細(xì)介紹希望你能有所收獲。

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OncodriveCLUST是一款驅(qū)動(dòng)基因識(shí)別軟件， 主要針對(duì)功能獲得性突變，即gain-of-funciton mutations進(jìn)行分析，這些突變通常聚集在蛋白質(zhì)的特定區(qū)域，可能是腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)和腫瘤細(xì)胞克隆進(jìn)化過(guò)程中正向選擇的信號(hào)，通過(guò)對(duì)這些突變進(jìn)行分析，來(lái)預(yù)測(cè)潛在的驅(qū)動(dòng)基因。

對(duì)應(yīng)的文章發(fā)表在Bioinformatics上，鏈接如下

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/18/2238.full

該軟件以基因?yàn)閱挝贿M(jìn)行分析，主要步驟分為5步，圖示如下

第一步統(tǒng)計(jì)蛋白質(zhì)上每個(gè)位置的功能獲得性突變的頻率分布，結(jié)果如圖I所示，橫坐標(biāo)為蛋白質(zhì)的位置，縱坐標(biāo)表示每個(gè)位置上突變位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的頻率；第二步篩選非隨機(jī)的突變位置，利用二項(xiàng)分布累計(jì)函數(shù)篩選非隨時(shí)的突變位置，在圖II中，虛線表示閾值，虛線以上的位置為非隨機(jī)的突變位置， 非隨機(jī)即代表有潛在的生物學(xué)意義。

第三步對(duì)這些非隨機(jī)位置進(jìn)行聚類，每個(gè)cluster對(duì)應(yīng)圖III中的灰色區(qū)域，每個(gè)cluster下相鄰的兩個(gè)位置的距離小于5個(gè)氨基酸；第四步將原始的cluster位置進(jìn)行擴(kuò)展，相鄰的區(qū)域內(nèi)突變位置也被包括進(jìn)來(lái)，對(duì)應(yīng)圖IV中的灰色區(qū)域，可以看到相比圖III,灰色區(qū)域變寬了；第五步利用每個(gè)基因上的cluster對(duì)基因進(jìn)行打分。

利用基因上的同義突變按照相同的規(guī)則計(jì)算對(duì)應(yīng)的打分，作為背景，比較每個(gè)基因利用非同義突變計(jì)算出的打分是否與背景不同，從而篩選出不同于背景模型的驅(qū)動(dòng)基因。

該軟件基于python3開(kāi)發(fā)，安裝過(guò)程如下

yum install  -y epel-release
yum  install -y gcc
yum  install -y gcc-c++
yum install -y python34
yum install -y python34-devel
yum install -y python34-pip
pip3 install oncodriveclust

官網(wǎng)提供了測(cè)試數(shù)據(jù)集，下載方式如下

curl -o oncodriveclust.tar.gz https://bitbucket.org/bbglab/oncodriveclust/get/0.3.tar.gz
tar xzvf oncodriveclust.tar.gz

基本用法如下

oncodriveclust \
-m 3 \
--cgc \
data/CGC_phenotype.tsv \
examples/tcga.BRCA.nonsyn.txt \
examples/tcga.BRCA.syn.txt \
data/gene_transcripts.tsv

最少需要3個(gè)輸入文件，非同義突變和同義突變對(duì)應(yīng)的txt文件，內(nèi)容示意如下

最重要的是第一列和最后一列，第一列表示基因，最后一列表示突變所在的蛋白質(zhì)位置。gene_transcripts.tsv對(duì)應(yīng)的內(nèi)容如下

--cgc參數(shù)指定的是基因在CGC數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)應(yīng)的注釋信息，是可選的，內(nèi)容示意如下

指定了這個(gè)文件，在輸出結(jié)果的第二列，會(huì)包含基因的注釋信息。運(yùn)行成功后，默認(rèn)輸出文件為oncodriveclust-results.tsv，內(nèi)容如下

根據(jù)pvalue和qvalue對(duì)結(jié)果進(jìn)行篩選，挑選顯著性的驅(qū)動(dòng)基因。

上述內(nèi)容就是怎么使用OncodriveCLUST識(shí)別驅(qū)動(dòng)基因，你們學(xué)到知識(shí)或技能了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或者豐富自己的知識(shí)儲(chǔ)備，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。