怎么使用EPIC預(yù)測腫瘤微環(huán)境中免疫細胞構(gòu)成

發(fā)布時間：2021-11-10 10:14:54 來源：億速云閱讀：451 作者：柒染欄目：大數(shù)據(jù)

這篇文章將為大家詳細講解有關(guān)怎么使用EPIC預(yù)測腫瘤微環(huán)境中免疫細胞構(gòu)成，文章內(nèi)容質(zhì)量較高，因此小編分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后對相關(guān)知識有一定的了解。

在傳統(tǒng)的RNA_seq測序中，每個樣本取樣后實際包含了成千上萬個細胞，和單細胞測序的single cell相比，這樣的樣本稱之為bulk samples。在bulk samples的這么多細胞中，可能包含來自多個細胞亞群。

在腫瘤組織中，由于腫瘤微環(huán)境中各種細胞的浸潤，其RNA_seq的樣本中必然存在了腫瘤細胞，浸潤的免疫細胞等多種細胞亞群。為了準確的評估腫瘤微環(huán)境中免疫細胞的構(gòu)成，科學(xué)家做了很多努力，EPIC就是一款利用腫瘤樣本RNA_seq表達譜數(shù)據(jù)評估樣本免疫細胞構(gòu)成的軟件，對應(yīng)的文章鏈接如下

https://elifesciences.org/articles/26476

該軟件封裝成了R包，網(wǎng)址如下

https://github.com/GfellerLab/EPIC

同時提供了在線服務(wù)，網(wǎng)址如下

https://gfellerlab.shinyapps.io/EPIC_1-1/

只需要上傳腫瘤樣本的表達譜數(shù)據(jù)即可，示意如下