如何使用HOMER進(jìn)行peak calling

本篇內(nèi)容主要講解“如何使用HOMER進(jìn)行peak calling”，感興趣的朋友不妨來(lái)看看。本文介紹的方法操作簡(jiǎn)單快捷，實(shí)用性強(qiáng)。下面就讓小編來(lái)帶大家學(xué)習(xí)“如何使用HOMER進(jìn)行peak calling”吧!

HOMER是一款進(jìn)行motif預(yù)測(cè)的軟件，除此之外，該軟件還集成了許多其他功能，可以識(shí)別用于分析chip_seq,RNA_seq,Hi-C等數(shù)據(jù)。本文主要介紹如何通過(guò)HOMER來(lái)進(jìn)行peak calling。

在HOMER中，通過(guò)findPeaks這個(gè)命令來(lái)進(jìn)行peak calling, 這個(gè)命令有以下多種模式，對(duì)應(yīng)不同類(lèi)型的peak的識(shí)別

1. factor
   這種模式用于識(shí)DNA和蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)，主要用于識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)，預(yù)測(cè)出來(lái)的peak的長(zhǎng)度是一個(gè)固定的數(shù)值。

2. histone
   這種模式用于識(shí)別發(fā)生組蛋白修飾的區(qū)域，該模式識(shí)別到的peak長(zhǎng)度不完全相同，是變化的數(shù)值。

3. super
   這種模式用于識(shí)別超級(jí)增強(qiáng)子。

4. groseq
   這種模式用于分析鏈特異性的GRO_seq數(shù)據(jù)

5. tss
   這種模式用于分析5’RNA_seq/CAGE/5’GRO_seq, 目的是識(shí)別promoter/TSS區(qū)域

6. dnase
   這種模式用于分析DNase_seq數(shù)據(jù)，目的是識(shí)別DNase酶超敏位點(diǎn)

7. mC
   這種模式用于識(shí)別DNA甲基化區(qū)域

   
   

對(duì)于chip_seq的peak calling而言，常用的模式就是factor, histone和super這3種模式。具體用法如下,分為兩步

1. makeTagDirectory

比對(duì)基因組得到bam文件之后，首先用通過(guò)makeTagDirectory這個(gè)命令，生成一個(gè)文件夾，用法如下

makeTagDirectory out_dir align.bam

輸出目錄文件如下

├── chr1.tags.tsv
├── chr2.tags.tsv
├── chr3.tags.tsv
...
├── chrY.tags.tsv
├── tagAutocorrelation.txt
├── tagCountDistribution.txt
├── tagInfo.txt
└── tagLengthDistribution.txt

默認(rèn)將每條染色體的比對(duì)情況有一個(gè)tags.tsv文件來(lái)存儲(chǔ)，除此之外，還有幾個(gè)以tag開(kāi)頭的文件，包含了一些簡(jiǎn)單的統(tǒng)計(jì)信息。

tagCountDistribution.txt包含了測(cè)序深度的分布信息，第一列為測(cè)序深度的值，第二列為對(duì)應(yīng)的reads的比例。根據(jù)這個(gè)文件的前10行，在R里面可視化如下

對(duì)于chip樣本而言，unique mapping reads的比例越高越好，所以可以看到測(cè)序深度為1的比例是最高的。

tagLengthDistribution.txt包含了reads的長(zhǎng)度分布信息，第一列為長(zhǎng)度，第二列為對(duì)應(yīng)reads的比例， 在R里面可視化如下

可以對(duì)插入片段的長(zhǎng)度分布有一個(gè)直觀的了解。

tagAutocorrelation.txt用于評(píng)估測(cè)序數(shù)據(jù)正負(fù)鏈上測(cè)序深度分布的相關(guān)性，在R里面可視化如下

正負(fù)連的峰值間距離為插入偏度的長(zhǎng)度。

2. findPeaks

分別對(duì)input和IP樣本建立好tagdirectory之后就可以peak calling, 用法如下

findPeaks ip_tagdir/ -i input_tagdir -style histone -o homer.peak.txt

輸出結(jié)果和macs2的類(lèi)似，分成了兩部分，文件頭尾以#開(kāi)頭的行為注釋行，部分信息如下

peak對(duì)應(yīng)的行示意如下

到此，相信大家對(duì)“如何使用HOMER進(jìn)行peak calling”有了更深的了解，不妨來(lái)實(shí)際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！