HACER human增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫(kù)的示例分析

今天就跟大家聊聊有關(guān)HACER human增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫(kù)的示例分析，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

大多數(shù)的增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫(kù)利用chip_seq,DNase_seq和CAGE_seq的數(shù)據(jù)來(lái)鑒定增強(qiáng)子, HACER則通過(guò)GRO_seq和PRO_seq來(lái)分析增強(qiáng)子RNA，從而達(dá)到鑒定已經(jīng)激活的增強(qiáng)子的目的。

與其他增強(qiáng)子數(shù)據(jù)相比較的情況示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)址如下

http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/

對(duì)于鑒定到的增強(qiáng)子區(qū)域，該數(shù)據(jù)庫(kù)同樣提供了以下3種調(diào)控關(guān)系

1. TF-Enhancer

2. Enhancer-target gene

3. Enhancer-promoter

   
   

同時(shí)對(duì)于增強(qiáng)子對(duì)應(yīng)的基因組區(qū)域，還提供了該區(qū)域內(nèi)的GWAS SNP和eQTL 變異位點(diǎn)信息，圖示如下

由于增強(qiáng)子的組織和細(xì)胞特異性，在該數(shù)據(jù)庫(kù)中通過(guò)Browser菜單，可以瀏覽不同細(xì)胞系中的增強(qiáng)子信息，示意如下

勾選感興趣的細(xì)胞系前的單選框進(jìn)行查看，以GM12878為例，檢索結(jié)果示意如下

點(diǎn)擊增強(qiáng)子ID,可以查看詳細(xì)信息, 以AE_hg19_GM12878_20878`為例，結(jié)果如下所示

1. Basic

2. TF binding

3. Target Gene

4. GWAS

5. eQTL

該數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息是免費(fèi)下載的，通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)，可以方便的探索增強(qiáng)子，TF, 基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，還可以結(jié)合突變信息，將基因組和轉(zhuǎn)錄調(diào)控多層次，多組學(xué)的數(shù)據(jù)結(jié)合起來(lái)使用，對(duì)于探究具體的機(jī)制提供更多的參考信息。

看完上述內(nèi)容，你們對(duì)HACER human增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫(kù)的示例分析有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。