如何使用phantompeakqualtools進(jìn)行cross correlation分析

本篇內(nèi)容主要講解“如何使用phantompeakqualtools進(jìn)行cross correlation分析”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實(shí)用性強(qiáng)。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“如何使用phantompeakqualtools進(jìn)行cross correlation分析”吧!

ENCODE官方提供了chip_seq分析的pipeline以供參考，在peak calling前的預(yù)處理環(huán)節(jié)，流程示意如下

可以看到其中包含了一個名為phantompeakqualtools的工具，這個工具可以進(jìn)行cross-correlation分析，計(jì)算得到NSC和RSC兩個指標(biāo)值，軟件的源代碼保存在github上，網(wǎng)址如下

https://github.com/kundajelab/phantompeakqualtools

安裝過程如下

docker run -it -v /home:/home --rm centos
yum install -y epel-release
yum install -y R
yum install -y wget
yum install -y ncurses-devel bzip2 libcurl libcurl-devel
# samtools
wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
tar xjvf samtools-1.9.tar.bz2
cd samtools-1.9
./configure
make
make install
# R
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rsamtools", version = "3.8")
install.packages("spp")
install.packages("snow")
install.packages("snowfall")
# phantompeakqualtools
wget https://github.com/kundajelab/phantompeakqualtools/archive/1.2.tar.gz
tar xzvf 1.2.tar.gz

基本用法如下

Rscript run_spp.R \
-c=chip.bam \
-rf -p=10 \
-filtchr="chrM" \
-savp=cc.plot.pdf \
-out=cc.score.txt

軟件的運(yùn)行時間很長，pdf結(jié)果示意如下

藍(lán)色標(biāo)記的是phantome peak的位置。在txt輸出文件中，每一列代表一個指標(biāo)，但是沒有表頭，可以參考輸出到屏幕上的log信息來理解，示意如下

Minimum cross-correlation value 0.3735286
Minimum cross-correlation shift 1500
Top 3 cross-correlation values 0.412562930952545,0.37885721605778,0.375020285168966
Top 3 estimates for fragment length 150,285,525
Window half size 200
Phantom peak location 95
Phantom peak Correlation 0.3845194
Normalized Strand cross-correlation coefficient (NSC) 1.104502
Relative Strand cross-correlation Coefficient (RSC) 3.551565
Phantom Peak Quality Tag 2

到此，相信大家對“如何使用phantompeakqualtools進(jìn)行cross correlation分析”有了更深的了解，不妨來實(shí)際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！