phyml是怎樣基于最大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的

phyml是怎樣基于最大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的，相信很多沒(méi)有經(jīng)驗(yàn)的人對(duì)此束手無(wú)策，為此本文總結(jié)了問(wèn)題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過(guò)這篇文章希望你能解決這個(gè)問(wèn)題。

phyml 是基于最大似然法原理構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的軟件

官網(wǎng)提供了在線服務(wù)，截圖如下

共分成了四大部分

1. Input Data

輸入文件為多序列比對(duì)的結(jié)果，支持以下兩種格式

1. phylip interleaved

2. phylip sequential

   
   

這兩種格式的文件都可以有 muscle 產(chǎn)生， 代碼如下
phylip interleaved

muscle -phys   -in input.fa -out output.phys

phylip sequential

muscle -phyi   -in input.fa -out output.phyi

需要注意的是，muscle默認(rèn)輸出的phylip格式不能滿足phyml的要求，需要進(jìn)行調(diào)整，把序列合并成一行就可以了。其他的多序列比對(duì)軟件，mafft 只支持輸出fasta和clustalw格式的多序列比對(duì)結(jié)果，clustal 可以產(chǎn)生phylip 格式的文件。

目前存在的問(wèn)題是，缺少多序列比對(duì)格式轉(zhuǎn)換的腳本。如果想要全面支持mafft, clustal, muscle的結(jié)果，需要自己編寫(xiě)腳本修改結(jié)果文件的格式。

2. Subsitution Model

正是由于堿基或者氨基酸的替換，才導(dǎo)致了不同物種的演化，保證了物種的多樣性。在構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)時(shí)，需要選擇合適的替換模型，保證進(jìn)化樹(shù)的準(zhǔn)確性。 采用默認(rèn)值即可。

3. Tree Searching

采用迭代的方式，不斷優(yōu)化樹(shù)的結(jié)構(gòu)。 采用默認(rèn)值即可。

4. Branch Support

進(jìn)化樹(shù)中的分支長(zhǎng)度代表了不同物種的進(jìn)化距離，這部分采用不同算法評(píng)估進(jìn)化樹(shù)中每個(gè)分支長(zhǎng)度的可靠性。通常情況下，會(huì)選擇bootstrap。

也可以下載到本地運(yùn)行，安裝過(guò)程如下

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip
unzip PhyML-3.1.zip

采用的是命令行交互式運(yùn)行的方式，在命令行輸入對(duì)應(yīng)的程序名稱(chēng)，后續(xù)步驟和在線服務(wù)類(lèi)似，也是分成了4個(gè)步驟。每個(gè)步驟之間通過(guò)+鍵進(jìn)行確認(rèn)，最后通過(guò)Y鍵運(yùn)行。

默認(rèn)生成的tree 文件是 Newick格式， 可以導(dǎo)入 figTree 或者 TreeViewer等軟件中進(jìn)行查看。

看完上述內(nèi)容，你們掌握phyml是怎樣基于最大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的的方法了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或想了解更多相關(guān)內(nèi)容，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！