Abyss怎么安裝使用

這篇文章主要講解了“Abyss怎么安裝使用”，文中的講解內(nèi)容簡(jiǎn)單清晰，易于學(xué)習(xí)與理解，下面請(qǐng)大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來(lái)研究和學(xué)習(xí)“Abyss怎么安裝使用”吧！

主流的NGS基因組組裝軟件都是先將序列劃分成kmer, 然后基于de Bruijn Graph圖論算法，得到組裝好的序列。程序運(yùn)行時(shí)，kmer字符串時(shí)存儲(chǔ)在內(nèi)存中，所以要求計(jì)算機(jī)的內(nèi)存要足夠大。

Abyss 基于布隆過(guò)濾器，不直接儲(chǔ)存字符串，減少了內(nèi)存的消耗。

安裝過(guò)程如下

wget https://github.com/bcgsc/abyss/releases/download/2.1.0/abyss-2.1.0.tar.gz
tar xzvf abyss-2.1.0.tar.gz
cd abyss-2.1.0/
./configure --prefix=$(pwd) --without-sparsehash
make

編譯成功后，會(huì)生成許多的可執(zhí)行文件，這些文件分散在不同的目錄下，想要成功運(yùn)行該軟件，需要將這些可執(zhí)行文件都添加到PATH環(huán)境變量中，寫(xiě)法如下

export ABYSS_HOME=/soft/abyss-2.1.0
export PATH=$ABYSS_HOME/ABYSS:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/AdjList:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Align:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/bin:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Bloom:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/BloomDBG:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Consensus:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/DAssembler:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/DataBase:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/dialign:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/DistanceEst:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/FilterGraph/:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/FMIndex/:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/GapFiller:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Graph:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/KAligner:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/kmerprint:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Konnector:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Layoutp:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/LogKmerCountr:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Map:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/MergePaths:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Overlap:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/PairedDBG:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/ParseAligns:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/PathOverlap:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/PopBubbles:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Scaffold:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Sealer:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/SimpleGraph:$PATH

只需要調(diào)整ABYSS_HOME，將其設(shè)置為軟件所在的實(shí)際目錄即可，可以在~/.bahsrc文件中設(shè)置以上環(huán)境變量，然后運(yùn)行下列代碼

source ~.bahsrc

這樣環(huán)境變量就會(huì)生效，至此，軟件才算安裝成功。官網(wǎng)還提供了測(cè)試數(shù)據(jù)集，下載測(cè)試數(shù)據(jù)集的方法如下

wget http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.4/test-data.tar.gz
tar xzvf test-data.tar.gz
tree -L 1 test-data
├── reads1.fastq
└── reads2.fastq

測(cè)試數(shù)據(jù)集是一個(gè)雙端測(cè)序的結(jié)果文件，用Abyss進(jìn)行組裝的命令如下

abyss-pe k=25 name=test in='test-data/reads1.fastq test-data/reads2.fastq'

name參數(shù)是生成文件的前綴，運(yùn)行結(jié)束后，會(huì)生成很多文件，以下兩個(gè)文件是我們最關(guān)注的

1. test-contigs.fa

2. test-scaffolds.fa

   
   

分別對(duì)應(yīng)contig和scaffold的結(jié)果。

對(duì)于Abyss而言，只能通過(guò)for 循環(huán)，實(shí)現(xiàn)多個(gè)kmer 梯度組裝，用法如下

for k in `seq 50 8 90`; do
    mkdir k$k
    abyss-pe -C k$k name=test k=$k in=reads.fa
done

感謝各位的閱讀，以上就是“Abyss怎么安裝使用”的內(nèi)容了，經(jīng)過(guò)本文的學(xué)習(xí)后，相信大家對(duì)Abyss怎么安裝使用這一問(wèn)題有了更深刻的體會(huì)，具體使用情況還需要大家實(shí)踐驗(yàn)證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關(guān)知識(shí)點(diǎn)的文章，歡迎關(guān)注！