Gerbil怎么安裝使用

本篇內(nèi)容主要講解“Gerbil怎么安裝使用”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實(shí)用性強(qiáng)。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“Gerbil怎么安裝使用”吧!

對于基因組組裝而言，kmer count是最基礎(chǔ)的分析內(nèi)容之一，傳統(tǒng)的kmer count工具在kmer長度小于32時，有著較好的性能，但是對于較大長度的kmer, 內(nèi)存消耗和運(yùn)行速度都差強(qiáng)人意。隨著測序讀長的不斷增加，一款能夠支持較大kmer的計(jì)數(shù)，而且性能良好的工具就顯得非常的有必要。

Gerbil就是這樣的一款工具，除了在算法上進(jìn)行優(yōu)化外，還引入了GPU加速，進(jìn)一步加強(qiáng)其性能

在文獻(xiàn)中列舉出了以下幾款kmer count工具

1. Jellyfish

2. BFCounter

3. DSK

4. KMC

5. Turtle

6. MSPKmerCounter

7. KCMBT

   
   

這些工具對于長度大于32的kmer, 性能都沒有Gerbil好。對于hg38基因組，各個軟件的運(yùn)行速度比較如下

隨著kmer長度的增加，Gerbil 的運(yùn)行時間始終是最快的，其中的gGerbil代表GPU加速版的Gerbil。

安裝過程如下

git clone https://github.com/uni-halle/gerbil.git
cd gerbil
mkdir build
cd build
cmake ..
make

基本用法如下

gerbil -k 32 input.fasta temp_dir output_dir

-k參數(shù)指定kmer的長度，input.fasta代表輸入序列文件，temp_dir代表臨時文件的目錄，output_dir代表輸出文件的目錄。
和jellysifh不同，Gerbil支持多種輸入文件格式

1. fastq/fasta

2. fastq.gz/fasta.gz

3. fastq.bz2/fasta.bz2

4. stdin

5. txt

   
   

支持fastq和fasta兩種格式，也支持gzip和bzip兩種壓縮格式，還可以從標(biāo)準(zhǔn)輸入流讀取文件，甚至可以是一個txt文件，每一行是一個文件路徑，這樣就可以，一次處理多個輸入文件。

軟件的輸出文件是二進(jìn)制文件，可以通過toFasta命令轉(zhuǎn)換為純文本格式。

到此，相信大家對“Gerbil怎么安裝使用”有了更深的了解，不妨來實(shí)際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！