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這篇文章主要為大家展示了“Ubuntu+python如何將nii圖像保存成png格式”,內容簡而易懂,條理清晰,希望能夠幫助大家解決疑惑,下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“Ubuntu+python如何將nii圖像保存成png格式”這篇文章吧。
系統:Ubuntu 16.04
軟件: python 3.5
先用pip安裝nibabel、numpy、imageio、os。
import nibabel as nib import numpy as np import imageio import os def read_niifile(niifile): #讀取niifile文件 img = nib.load(niifile) #下載niifile文件(其實是提取文件) img_fdata = img.get_fdata() #獲取niifile數據 return img_fdata def save_fig(file): #保存為圖片 fdata = read_niifile(file) #調用上面的函數,獲得數據 (x,y,z) = fdata.shape #獲得數據shape信息:(長,寬,維度-切片數量) for k in range(z): silce = fdata[k,:,:] #三個位置表示三個不同角度的切片 imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce) #將切片信息保存為png格式 dir = './.nii' #nii的路徑 savepicdir = '' #保存png的路徑 os.mkdir(savepicdir) #創(chuàng)建文件夾 save_fig(dir) #運行程序,保存為圖像
不要忘記返回img_fdata,否則下一個文件會報錯。
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