R語(yǔ)言中聚類函數(shù)的應(yīng)用有哪些

本篇內(nèi)容介紹了“R語(yǔ)言中聚類函數(shù)的應(yīng)用有哪些”的有關(guān)知識(shí)，在實(shí)際案例的操作過(guò)程中，不少人都會(huì)遇到這樣的困境，接下來(lái)就讓小編帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細(xì)閱讀，能夠?qū)W有所成！

系統(tǒng)聚類Hierarchical clustering（層次聚類、譜系聚類）— 最短距離法（single linkage)— 最長(zhǎng)距離法 （complete linkage)— 中間距離法 （median method)— 可變距離法 （flexible median)— 重心

系統(tǒng)聚類Hierarchical clustering（層次聚類、譜系聚類）
— 最短距離法（single linkage)
— 最長(zhǎng)距離法 （complete linkage)
— 中間距離法 （median method)
— 可變距離法 （flexible median)
— 重心法 （centroid)
— 類平均法 （average)
— 可變類平均法 （flexible average)
— Ward 最小方差法 （Ward's minimum variance)

在生信行業(yè)中，經(jīng)常會(huì)利用到上述聚類方法，對(duì)生物數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類分析，例如R 中常見(jiàn)的相關(guān)聚類函數(shù)的應(yīng)用：hclust()參數(shù)method:

"single"    最短距離法
"complete"    最長(zhǎng)距離法
"median"    中間距離法(=WPGMC）
"average"    類平均法（=UPGMA)
"centroid"    重心法（=UPGMC)
"ward"    離差平方和
"Mcquitty"    相似分析法 (=WPGMA)

需要注意，實(shí)際不同語(yǔ)言或不同函數(shù)具體的層次聚類方法或有差異，需多加探索。

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