HISAT2如何使用

這篇“HISAT2如何使用”文章的知識點(diǎn)大部分人都不太理解，所以小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，內(nèi)容詳細(xì)，步驟清晰，具有一定的借鑒價(jià)值，希望大家閱讀完這篇文章能有所收獲，下面我們一起來看看這篇“HISAT2如何使用”文章吧。

轉(zhuǎn)錄組比對軟件HISAT2的使用說明

轉(zhuǎn)錄組分析的常用分析流程，目前都由Hophat + cufflinks 組合轉(zhuǎn)向了 采用HISTA + StringTie 組合。該組合的Protocol 可參考發(fā)表在Nature Protocol 上的文章“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown”

首先來看看比對的軟件HISTA，其速度和精度都較Tophat 有很大的提升。

其使用說明如下：

  hisat2 [options]* -x <ht2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sra-acc <SRA accession number>} [-S <sam>]

  <ht2-idx>  Index 文件的前綴 (*.X.ht2)

  <m1>       read1 文件 (支持gz,bzip2壓縮格式)

  <m2>       read2 文件 (支持gz,bzip2壓縮格式)

  <r>        輸出 unpaired 比對序列（支持gz,bzip2壓縮格式）

  <SRA accession number>  支持對NCBI SRA數(shù)據(jù)的下載，采用逗號分隔不同SRA號

  <sam>      比對結(jié)果SAM 文件的輸出 (默認(rèn): 標(biāo)準(zhǔn)輸出)

  <m1>, <m2>, <r>  支持輸入一個(gè)用逗號隔開的文件列表，也支持多次輸入  比如： '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

選項(xiàng) (括號中是默認(rèn)值):

 輸入:

  -q                 輸入文件格式是FASTQ  .fq/.fastq (default)

  --qseq             q輸入文件格式是 Illumina's qseq format

  -f                 輸入文件格式是多序列的FASTA .fa/.mfa

  -r                 輸入是一行序列

  -c                 <m1>, <m2>, <r> are sequences themselves, not files

  -s/--skip <int>    跳過輸入文件前面的 <int> reads/pairs  (none)

  -u/--upto <int>    超過輸入文件前面的 <int> reads/pairs 就停止程序(no limit)

  -5/--trim5 <int>   去除Reads 5'/左邊  <int> 堿基 (0)

  -3/--trim3 <int>   去除Reads 3'/r右邊 <int> 堿基 (0)

  --phred33          序列質(zhì)量值編碼是 Phred+33 (默認(rèn)編碼格式)

  --phred64          序列質(zhì)量值編碼是Phred+64

  --int-quals        序列質(zhì)量值是用空格分開的數(shù)字

  --sra-acc          SRA 登錄號

比對:

  --n-ceil <func>    允許非A/C/G/Ts 在比對中的比例 (L,0,0.15)

  --ignore-quals     如果忽略測序質(zhì)量值，則默認(rèn)質(zhì)量值為30  (off)

  --nofw             不比對正向的reads (off)

  --norc             不比對反向互補(bǔ)的reads (off)

 剪切比對:

  --pen-cansplice <int>              正常剪切位點(diǎn)的罰分 (0)

  --pen-noncansplice <int>           非正常剪切位點(diǎn)的罰分 (12)

  --pen-canintronlen <func>          長內(nèi)含子正常剪切位點(diǎn)的罰分函數(shù) (G,-8,1) 

  --pen-noncanintronlen <func>       長內(nèi)含子非正常剪切位點(diǎn)的罰分函數(shù) (G,-8,1) 

  --min-intronlen <int>              內(nèi)含子最小長度 (20)

  --max-intronlen <int>              內(nèi)含子最大長度 (500000)

  --known-splicesite-infile <path>   指定已知的剪切位點(diǎn)文件

  --novel-splicesite-outfile <path>  發(fā)現(xiàn)（報(bào)告）新的剪切位點(diǎn)

  --novel-splicesite-infile <path>   指定一些新的可變剪切位點(diǎn) 

  --no-temp-splicesite               disable the use of splice sites found

  --no-spliced-alignment             停用剪切比對

  --rna-strandness <string>          只能RNA的連特異性 (unstranded)

  --tmo                              只報(bào)告與已知的轉(zhuǎn)錄本比對上的reads

  --dta                              報(bào)告專門為轉(zhuǎn)錄本組裝的比對reads

  --dta-cufflinks                    報(bào)告專門為cufflinks組裝的比對reads

 打分:

  --ma <int>         匹配得分 (0 for --end-to-end, 2 for --local)

  --mp <int>,<int>   位點(diǎn)錯(cuò)誤匹配的最大和最小罰分，低質(zhì)量，低罰分 <2,6>

  --sp <int>,<int>   max and min penalties for soft-clipping; lower qual = lower penalty <1,2>

  --np <int>         非A/C/G/Ts 匹配的罰分 (1)

  --rdg <int>,<int>  read 空格開放和延伸的罰分(5,3)

  --rfg <int>,<int>  參考序列空格開放和延伸的罰分 (5,3)

  --score-min <func> 最小可接受的比對打分 (L,0.0,-0.2)

 比對報(bào)告輸出:

  (default)          多對比結(jié)果，只報(bào)告最好的比對

   OR

  -k <int>           多比對結(jié)果，最多可報(bào)告的比對數(shù)量

   OR

  -a/--all           報(bào)告全部對比對結(jié)果

 雙端比對:

  --fr/--rf/--ff     reads 比對的方向 fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

  --no-mixed         不做非配對的reads 比對

  --no-discordant    比做距離不一致的reads 比對

 輸出:

  -t/--time          輸出在搜索過程中的使用的時(shí)間情況

  --un <path>           未比對上的reads 輸出路徑 <path>

  --al <path>           一端比對上的reads 輸出路徑 <path>

  --un-conc <path>      比對位置不一致的reads 輸出路徑 <path>

  --al-conc <path>      至少有一個(gè)位置比對一致的reads 輸出路徑 <path>

  --un-gz <path>, to gzip compress output, or add '-bz2' to bzip2 compress output.)

  --quiet            除非有嚴(yán)重錯(cuò)誤，否則不打印錯(cuò)誤輸出

  --met-file <path>  保存metrics 到文件 <path> (off)

  --met-stderr       打印metrics 大標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤輸出 (off)

  --met <int>        多少秒報(bào)告一次內(nèi)部 counters 和 metrics  (1)

  --no-head          在SAM文件中不輸出head信息

  --no-sq            在SAM文件中不輸出head的@SQ 信息

  --rg-id <text>     設(shè)置reads ID信息

  --rg <text>        增加reads 分組信息             

  --omit-sec-seq     put '*' in SEQ and QUAL fields for secondary alignments.

 性能:

  -o/--offrate <int> 覆蓋index的offrate

  -p/--threads <int> 比對的線程數(shù) (1)

  --reorder          強(qiáng)制保持輸出SAM文件中reads的順序同輸入的reads一致

  --mm               通過內(nèi)存共享index, 使得多個(gè)bowtie能共享

 其他:

  --qc-filter        過濾質(zhì)量值低的reads

  --seed <int>       生成隨機(jī)數(shù)的seed(種子) (0)

  --non-deterministic 隨機(jī)數(shù)生成采用種子（seed) 代替reads的屬性 

  --remove-chrname   在比對結(jié)果中刪除參考序列名稱上的'chr' 

  --add-chrname      在比對結(jié)果中給參考序列名稱加上 'chr' 

  --version          輸出軟件的版本信息

  -h/--help          輸出軟件的使用文檔

以上就是關(guān)于“HISAT2如何使用”這篇文章的內(nèi)容，相信大家都有了一定的了解，希望小編分享的內(nèi)容對大家有幫助，若想了解更多相關(guān)的知識內(nèi)容，請關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。