bedtools如何統(tǒng)計(jì)序列中堿基含量

這篇文章主要為大家展示了“bedtools如何統(tǒng)計(jì)序列中堿基含量”，內(nèi)容簡(jiǎn)而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領(lǐng)大家一起研究并學(xué)習(xí)一下“bedtools如何統(tǒng)計(jì)序列中堿基含量”這篇文章吧。

bedtools統(tǒng)計(jì)序列中堿基含量

bedtools軟件中的nuc函數(shù)工具可以統(tǒng)計(jì)序列堿基含量，其具體用法如下：

Tool:    bedtools nuc (aka nucBed)
Version: v2.25.0
Summary: Profiles the nucleotide content of intervals in a fasta file.
Usage:   bedtools nuc [OPTIONS] -fi <fasta> -bed <bed/gff/vcf>
Options:
        -fi     Input FASTA file
        -bed    BED/GFF/VCF file of ranges to extract from -fi
        -s      Profile the sequence according to strand.
        -seq    Print the extracted sequence
        -pattern        Report the number of times a user-defined sequence
                        is observed (case-sensitive).
        -C      Ignore case when matching -pattern. By defaulty, case matters.
        -fullHeader     Use full fasta header.
                - By default, only the word before the first space or tab is used.
Output format:
        The following information will be reported after each BED entry:
            1) %AT content
            2) %GC content
            3) Number of As observed
            4) Number of Cs observed
            5) Number of Gs observed
            6) Number of Ts observed
            7) Number of Ns observed
            8) Number of other bases observed
            9) The length of the explored sequence/interval.
            10) The seq. extracted from the FASTA file. (opt., if -seq is used)
            11) The number of times a user's pattern was observed.
                (opt., if -pattern is used.)

示例如下：

bed文件：

CM004359.1      0       10
CM004359.1      100     200
CM004359.1      1000    1050

運(yùn)行命令：

$bedtools nuc -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed
#1_usercol      2_usercol       3_usercol       4_pct_at        5_pct_gc        6_num_A 7_num_C 8_num_G 9_num_T 10_num_N        11_num_oth      12_seq_len
CM004359.1      0       10      0.600000        0.400000        1       0       4       5       0       0       10
CM004359.1      100     200     0.580000        0.420000        14      0       42      44      0       0       100
CM004359.1      1000    1050    0.660000        0.340000        10      3       14      23      0       0       50

以上是“bedtools如何統(tǒng)計(jì)序列中堿基含量”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！