雙通道芯片MA和density怎么處理

發(fā)布時間：2022-03-19 13:49:38 來源：億速云閱讀：328 作者：iii 欄目：開發(fā)技術(shù)

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limma包可以對芯片數(shù)據(jù)進行處理，讀取的原始數(shù)據(jù)格式的也比較多，包括gpr、txt等，這些文件格式和芯片圖片處理軟件有關(guān)。

而經(jīng)過數(shù)據(jù)讀取之后，獲得RGList或者EList，前者對應(yīng)雙色芯片，后者對應(yīng)單色芯片。

一般雙色芯片RGList需要經(jīng)過背景校正（backgroundCorrect）、芯片內(nèi)標準化（normalizeWithinArrays）、芯片間標準化（normalizeBetweenArrays），最終獲得標準化后的MAList。

查看每一步的數(shù)據(jù)分布情況可以基于limma提供的plotMA繪制MA圖，或者plotDensities查看密度圖

以GSE121505數(shù)據(jù)為例，正常讀取后獲得RGList，查看array1的MA圖以及密度圖：

plotMA(RGList,array = 1)

plotDensities(RGList[,1])

以及完成所有校正后的MAList

plotMA(MAList,array = 1)

plotDensities(MAList[,1])

注意：由RGList，到完成所有校正過程，中間生成的object，都可以按照此方法查看每一步處理的變化

以上就是關(guān)于“雙通道芯片MA和density怎么處理”這篇文章的內(nèi)容，相信大家都有了一定的了解，希望小編分享的內(nèi)容對大家有幫助，若想了解更多相關(guān)的知識內(nèi)容，請關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。

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