怎么用qiime2分類器建立SILVA數(shù)據(jù)庫(kù)

本篇內(nèi)容主要講解“怎么用qiime2分類器建立SILVA數(shù)據(jù)庫(kù)”，感興趣的朋友不妨來(lái)看看。本文介紹的方法操作簡(jiǎn)單快捷，實(shí)用性強(qiáng)。下面就讓小編來(lái)帶大家學(xué)習(xí)“怎么用qiime2分類器建立SILVA數(shù)據(jù)庫(kù)”吧!

利用工具建立數(shù)據(jù)庫(kù)  rescript

qiime rescript get-silva-data \--p-version '138' \    --p-target 'SSURef_NR99' \    --p-include-species-labels \    --o-silva-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs.qza \    --o-silva-taxonomy silva-138-ssu-nr99-tax.qza

這個(gè)代碼自動(dòng)獲取 99相似性的序列和分類信息，由于網(wǎng)絡(luò)原因一般運(yùn)行報(bào)錯(cuò)

wget -c https://data.qiime2.org/2020.8/common/silva-138-99-seqs.qza
wget -c https://data.qiime2.org/2020.8/common/silva-138-99-tax.qza
ln -s silva-138-99-tax.qza silva-138-ssu-nr99-tax.qza
ln -s silva-138-99-seqs.qza silva-138-ssu-nr99-seqs.qza

#remove sequences that contain 5 or more ambiguous bases (IUPAC compliant ambiguity bases) and any homopolymers that are 8 or more bases in length

qiime rescript cull-seqs \
    --i-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs.qza \
    --o-clean-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs-cleaned.qza

#長(zhǎng)度過濾
qiime rescript filter-seqs-length-by-taxon \
    --i-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs-cleaned.qza \
    --i-taxonomy silva-138-ssu-nr99-tax.qza \
    --p-labels Archaea Bacteria Eukaryota \
    --p-min-lens 900 1200 1400 \
    --o-filtered-seqs silva-138-ssu-nr99-seqs-filt.qza \
    --o-discarded-seqs silva-138-ssu-nr99-seqs-discard.qza

#重復(fù)序列合并
qiime rescript dereplicate \
    --i-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs-filt.qza  \
    --i-taxa silva-138-ssu-nr99-tax.qza \
    --p-rank-handles 'silva' \
    --p-mode 'uniq' \
    --o-dereplicated-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs-derep-uniq.qza \
    --o-dereplicated-taxa silva-138-ssu-nr99-tax-derep-uniq.qza
#全長(zhǎng)分類器構(gòu)建
qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
  --i-reference-reads  silva-138-ssu-nr99-seqs-derep-uniq.qza \
  --i-reference-taxonomy silva-138-ssu-nr99-tax-derep-uniq.qza \
  --o-classifier silva-138-ssu-nr99-classifier.qza



##特異引物分類器構(gòu)建1
#截取序列
qiime feature-classifier extract-reads \
    --i-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs-derep-uniq.qza \
    --p-f-primer GTGYCAGCMGCCGCGGTAA \
    --p-r-primer GGACTACNVGGGTWTCTAAT \
    --p-n-jobs 2 \
    --p-read-orientation 'forward' \
    --o-reads silva-138-ssu-nr99-seqs-515f-806r.qza
#合并重復(fù)
qiime rescript dereplicate \
    --i-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs-515f-806r.qza \
    --i-taxa silva-138-ssu-nr99-tax-derep-uniq.qza \
    --p-rank-handles 'silva' \
    --p-mode 'uniq' \
    --o-dereplicated-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs-515f-806r-uniq.qza \
    --o-dereplicated-taxa  silva-138-ssu-nr99-tax-515f-806r-derep-uniq.qza
#構(gòu)建分類器
qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
    --i-reference-reads silva-138-ssu-nr99-seqs-515f-806r-uniq.qza \
    --i-reference-taxonomy silva-138-ssu-nr99-tax-515f-806r-derep-uniq.qza \
    --o-classifier silva-138-ssu-nr99-515f-806r-classifier.qza


##特異引物分類器構(gòu)建2
# 338F (5′-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3′) and. 806R (5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′)
#截取序列
qiime feature-classifier extract-reads \
    --i-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs-derep-uniq.qza \
    --p-f-primer ACTCCTACGGGAGGCAGCAG \
    --p-r-primer GGACTACHVGGGTWTCTAAT \
    --p-n-jobs 2 \
    --p-read-orientation 'forward' \
    --o-reads silva-138-ssu-nr99-seqs-338f-806r.qza
#合并重復(fù)
qiime rescript dereplicate \
    --i-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs-338f-806r.qza \
    --i-taxa silva-138-ssu-nr99-tax-derep-uniq.qza \
    --p-rank-handles 'silva' \
    --p-mode 'uniq' \
    --o-dereplicated-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs-338f-806r-uniq.qza \
    --o-dereplicated-taxa  silva-138-ssu-nr99-tax-338f-806r-derep-uniq.qza
#構(gòu)建分類器
qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
    --i-reference-reads silva-138-ssu-nr99-seqs-338f-806r-uniq.qza \
    --i-reference-taxonomy silva-138-ssu-nr99-tax-338f-806r-derep-uniq.qza \
    --o-classifier silva-138-ssu-nr99-338f-806r-classifier.qza

注意：qiime2建立分類數(shù)據(jù)庫(kù)很消耗內(nèi)存，至少50G以上

到此，相信大家對(duì)“怎么用qiime2分類器建立SILVA數(shù)據(jù)庫(kù)”有了更深的了解，不妨來(lái)實(shí)際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！