bugbase指定表型預(yù)測(cè)的方法

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Bugbase除了生成默認(rèn)九種表型的預(yù)測(cè)文件，在本地運(yùn)行還可以指定表型對(duì)樣品進(jìn)行預(yù)測(cè)

輸入文件

1. 把想要預(yù)測(cè)的表型按照如下格式整理到一個(gè)文件夾下面，每個(gè)文件為一種表型，文件名稱為想要預(yù)測(cè)的表型。這里把5種要預(yù)測(cè)的表型文件放在了costom_pathway目錄下。

其中每個(gè)文件內(nèi)容如下,一個(gè)KO ID占一行。

準(zhǔn)備好文件之后，運(yùn)行代碼即可。

運(yùn)行代碼

1. 打開DOCKER虛擬機(jī)，進(jìn)入鏡像(注意：運(yùn)行成功需要至少25G的內(nèi)存，所以需要給docker更多的內(nèi)存)

docker run --rm -m 25 -v D:\project\bugbase:/work -it 億速云/ampliseq-q1:v1.2

2.生成指定表型的預(yù)測(cè)文件（運(yùn)行默認(rèn)為16S數(shù)據(jù)）

make.user.table.r -i costom_pathway/

參數(shù)說(shuō)明

-i    準(zhǔn)備好指定表型的文件目錄

運(yùn)行成功后，目錄下會(huì)出一個(gè)過(guò)程文件intermediates（紅色）和需要的指定表行預(yù)測(cè)文件Custom_BugBase_Traits.txt（黃色）。

3.進(jìn)行表型預(yù)測(cè)

run.bugbase.r -i table.from_txt_json.biom -m fastmap.txt -c loc -u costom_pathway/Custom_BugBase_Traits.txt -o cus_ko

參數(shù)說(shuō)明

-i  otu_table biom1.0格式文件(16S必須是用GREENGENE數(shù)據(jù)庫(kù)注釋)

-u 指定表型的預(yù)測(cè)文件

-m 樣品信息表

-c 指定樣品分組

-o 輸出文件名稱

-t 指定分類水平 1-7，默認(rèn)門水平

-T 閾值 0-1，可指定過(guò)濾閾值

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