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GWAS根據(jù)遺傳率和QTL的數(shù)量產(chǎn)出模擬表型數(shù)據(jù)
#Read Soybean
Genotype data file
D<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)
dim(D)
D=D[,2:31261]
D1=as.data.frame(as.matrix(D))
D2=t(D1)
QTL <-100*(1:20) #pick 20 QTL
u <-rep(0,31620) #marker effects
u[QTL] <- 1
g <-as.vector(crossprod(D2,u))
h3 <- 0.6 #heritability
y <- g +rnorm(346,mean=0,sd=sqrt((1-h3)/h3*var(g)))
#Saving simulated filewrite.table(y,"H60Q20.txt", sep="\t")以上就是關于“R語言怎么實現(xiàn)模擬表型數(shù)據(jù)”這篇文章的內(nèi)容，相信大家都有了一定的了解，希望小編分享的內(nèi)容對大家有幫助，若想了解更多相關的知識內(nèi)容，請關注億速云行業(yè)資訊頻道。
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