R語(yǔ)言的multi_cox.r怎么用

本篇內(nèi)容主要講解“R語(yǔ)言的multi_cox.r怎么用”，感興趣的朋友不妨來(lái)看看。本文介紹的方法操作簡(jiǎn)單快捷，實(shí)用性強(qiáng)。下面就讓小編來(lái)帶大家學(xué)習(xí)“R語(yǔ)言的multi_cox.r怎么用”吧!

multi_cox.r 多因素cox分析

使用方法：

指定多個(gè)基因表達(dá)量做多因素cox回歸分析，并構(gòu)建預(yù)后模型，以及評(píng)估預(yù)后模型：

$Rscript $scriptdir/multi_cox.r -h
usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/multi_cox.r
       [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...]
       [-P predict.time [predict.time ...]] [-c cut.score] [-s seed]
       [-o outdir] [-p prefix]
multi variate cox regression analysis using gene expression
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i data, --data data  input data file path[required]
  -t time, --time time  set suvival time column name [required]
  -e event, --event event
                        set event column name must 0 or 1 code format
                        [required]
  -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...]
                        variate for cox analysis [required]
  -P predict.time [predict.time ...], --predict.time predict.time [predict.time ...]
                        Time point to draw the ROC curve [default 365 1095
                        1825]
  -c cut.score, --cut.score cut.score
                        set cut score value to divide high and low risk groups
                        [default median]
  -s seed, --seed seed  set random seed [default 2021]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default cox]

使用舉例：

Rscript $scriptdir/multi_cox.r -i imm.unicox.metadata-exp.tsv -e EVENT -t TIME \
    -v PDGFRL CXCR4 PAK3 CSF1R PDCD1 -P  365 1095 1825 \
    -o multicox   -p  multicox

參數(shù)說(shuō)明：

-i 輸入生存數(shù)據(jù)與基因表達(dá)文件 

到此，相信大家對(duì)“R語(yǔ)言的multi_cox.r怎么用”有了更深的了解，不妨來(lái)實(shí)際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！