怎么安裝托管在GitHub的R包

第一步 從github下載安裝包（git bash命令行下載）：

這個(gè)其實(shí)就需要想辦法了，因?yàn)槭褂胓it bash命令行下載仍然是從github下載，如果網(wǎng)速超級(jí)爛，其實(shí)也不可行。這個(gè)包好幾百個(gè)M，可以使用https://gitee.com/作為中轉(zhuǎn)站：

#因?yàn)槭窃趥€(gè)人筆記本上操作，所以采用git bash命令行下載
git clone https://github.com/GreenleafLab/ArchR.git

第二步 在R里面安裝

原教程如下所示

敲入代碼：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("nabor","motifmatchr","chromVAR","ComplexHeatmap"))#依賴包的安裝
install.packages("./ArchR/",repos = NULL)

首先發(fā)現(xiàn)報(bào)錯(cuò)：

看報(bào)錯(cuò)信息，應(yīng)該是參數(shù)設(shè)置出現(xiàn)沖突，于是嘗試將該參數(shù)去掉是否可行**（有點(diǎn)盲目，不可取）**

PS：其實(shí)這個(gè)時(shí)候?qū)W員的問(wèn)題是，并沒有在下載ArchR-master.zip的文件夾打開rstudio，就是沒有工作環(huán)境的概念，相對(duì)路徑和絕對(duì)路徑不清楚。

結(jié)果出現(xiàn)新的報(bào)錯(cuò)：

回顧培訓(xùn)班的R包安裝知識(shí)，這個(gè)報(bào)錯(cuò)可能是由于安裝包名稱錯(cuò)誤或安裝命令錯(cuò)誤。因?yàn)榈谝淮螄L試本地安裝，沒有經(jīng)驗(yàn)，所以將問(wèn)題放到了交流群里。非常開心群里助教老師馬上指出我的是命令錯(cuò)誤，他建議我本地安裝，嘗試install_local命令，于是：

devtools::install_local("C:/Users/大米/Desktop/ArchR-master/ArchR-master.zip")

結(jié)果又報(bào)了新的錯(cuò)誤：

看報(bào)錯(cuò)信息是依賴包安裝過(guò)程中出現(xiàn)錯(cuò)誤，無(wú)法寫入C:/Program Files/R/R-3.6.1/library路徑？？有點(diǎn)懵逼。最后的報(bào)錯(cuò)的“非零退出”錯(cuò)誤，google了一下也有很多種可能性，陷入迷茫。。。

PS ：這個(gè)時(shí)候的無(wú)法寫入，通常是文件夾權(quán)限問(wèn)題，如果沒有使用系統(tǒng)管理員權(quán)限打開R，就會(huì)遇到這樣的麻煩，或者安裝包的時(shí)候，可以指定安裝路徑。

于是轉(zhuǎn)回最初，希望解決一開始的install.packages參數(shù)設(shè)置問(wèn)題。綜合網(wǎng)上的教程，嘗試了新方法：

install.packages("C:/Users/大米/Desktop/ArchR-master/ArchR/",repos = NULL, type="source")

Bingo！

這里兩個(gè)參數(shù)均很重要！路徑也可以用Tab鍵補(bǔ)全，以減少錯(cuò)誤。 

注意

本地安裝很多時(shí)候無(wú)法成功，是因?yàn)镽包之間的依賴性很強(qiáng)，所以學(xué)會(huì)看報(bào)錯(cuò)信息，會(huì)提示有什么包未安裝，則先安裝依賴的包再繼續(xù)。

看到有方法可以查看某個(gè)包的依賴包，就是getDependencies函數(shù)：

install.packages("gtools")
library(gtools)
getDependencies("ArchR") 

但這個(gè)方法對(duì)于像ArchR這樣剛開發(fā)出來(lái)的包并不適用，還是得學(xué)會(huì)看報(bào)錯(cuò)信息。