DECoN中最高分辨率的CNV檢測工具怎么用

這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會給大家?guī)碛嘘P(guān)DECoN中最高分辨率的CNV檢測工具怎么用，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

DECoN是一款CNV檢測工具，適用于exon-based的panel測序，可以識別single exon CNV

panel測序在臨床上應(yīng)用廣泛，目前利用panel測序數(shù)據(jù)來檢測SNP是比較成熟的，而CNV的檢測則缺乏有效的工具。在這樣的背景下，DECoN應(yīng)運(yùn)而生，開發(fā)者在ExomeDepth軟件的的基礎(chǔ)上進(jìn)一步修改，主要有以下兩點(diǎn)大的改動

1. 新增了檢測染色體上第一個外顯子區(qū)域的變異

2. 在隱馬可夫模型中新增了exon之間的距離這一因素

   
   

通過模擬數(shù)據(jù)和真實(shí)數(shù)據(jù)對軟件的性能進(jìn)行評估，在模擬數(shù)據(jù)集中，DECoN效果驚人，100%的靈敏度和99%的特異性。真實(shí)數(shù)據(jù)采用了illumina TruSight Cancer Panel測序的結(jié)果，最終鑒定出來24個exon CNV，用MLPA技術(shù)進(jìn)行驗(yàn)證，有23個可以檢測到，假陽性率4%，更加詳細(xì)的評估結(jié)果請查看文章中的描述。

該軟件的運(yùn)行速度也非?？欤€提供了良好的結(jié)果可視化，示意如下

上面的折線圖展示的是基因上coverage的分布，灰色代表對照樣本，藍(lán)色代表實(shí)驗(yàn)樣本；中間展示的是基因的名稱，最下方的散點(diǎn)圖代表觀測值和期望值之間的比值，灰色區(qū)域代表95%置信區(qū)間，當(dāng)比值顯著偏離置信區(qū)間時，認(rèn)為該區(qū)域存在拷貝數(shù)變異。上圖所示的紅點(diǎn)區(qū)域代表實(shí)際觀測值小于期望值，說明發(fā)生了deletion。

軟件的源代碼保存在github上，鏈接如下

https://github.com/RahmanTeam/DECoN

具體操作分為以下4步， 對應(yīng)4個R腳本

1. ReadInBams.R

讀取bam文件，計(jì)算coverage, 用法如下

Rscript ReadInBams.R \
--bams  bamList.txt \
--bed   Target_Regions.bed \
--fasta hg19.fa \
--out DECoNtest

輸入文件為bam文件的列表，目的區(qū)域的bed文件，參考基因組的fasta文件，bam文件的格式如下

目的區(qū)域bed文件的格式如下

輸出結(jié)果是一個后綴為RData的文件，保存了樣本的coverage信息，該軟件中用FPKM值來表示。

2. IdentifyFailures.R

進(jìn)行質(zhì)量控制，檢測coverage過度的exon區(qū)域，相關(guān)性較差的樣本等，用法如下

Rscript IdentifyFailures.R \
--Rdata DECoNtest.RData \
--exons customNumbering.txt \
--mincorr .98 \
--mincov 100 \
--custom TRUE \
--out DECoNtest

輸入文件為第一步產(chǎn)生的RData文件，另外還需要自定義的exon編號的文件

customNumbering.txt

內(nèi)容示意如下

如果所有的樣本和exon區(qū)域都符合要求，則該命令不會輸出結(jié)果，如果有不合格的樣本和區(qū)域，則需要剔除之后在進(jìn)行操作。

3. makeCNVcalls.R

進(jìn)行CNV calling，用法如下

Rscript makeCNVcalls.R \
--Rdata DECoNtest.RData \
--exons customNumbering.txt \
--custom TRUE \
--out DECoNtestCalls \
--plot  All \
–-plotFolder DECoNTestPlots

4. runShiny.R

通過R包Shiny構(gòu)建了一個基于瀏覽器的交互式結(jié)果展示頁面，用法如下

Rscript runShiny.R \
--Rdata DECoNtestCalls.RData

可以查看coverage分布圖，cnv calling的結(jié)果等信息，示意如下

對于panel測序的CNV檢測，推薦使用DECoN進(jìn)行分析。

上述就是小編為大家分享的DECoN中最高分辨率的CNV檢測工具怎么用了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。