ReMap有什么用

這篇文章主要介紹了ReMap有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

ReMap收集來自GEO和Encode項(xiàng)目中人的chip_seq數(shù)據(jù)，對來自不同細(xì)胞系，不同類別轉(zhuǎn)錄因子的數(shù)據(jù)進(jìn)行歸類整理，網(wǎng)址如下

http://tagc.univ-mrs.fr/remap/index.php

在該數(shù)據(jù)庫中，提供了兩種數(shù)據(jù)查看的方式，分別以轉(zhuǎn)錄因子和細(xì)胞類型為中心，以轉(zhuǎn)錄因子為中心的結(jié)果示意如下

點(diǎn)擊每個轉(zhuǎn)錄因子，可以查看以下信息

1.  基本信息

包括轉(zhuǎn)錄因子的分類，對應(yīng)的基因和蛋白數(shù)據(jù)庫的鏈接等信息，示意如下

2. peak分析結(jié)果

對于該轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的數(shù)據(jù)集，提供了peak結(jié)果的下載，基因組瀏覽器可視化等功能，示意如下

以細(xì)胞類型為中心的結(jié)果示意如下

除了查看各種轉(zhuǎn)錄因子的chip_seq分析結(jié)果外，官網(wǎng)還提供了一個注釋工具，用于Enrichment分析。上傳自己的peak文件，與數(shù)據(jù)庫中已有的轉(zhuǎn)錄因子的peak區(qū)間進(jìn)行比較，分析在上傳的peak區(qū)域中富集了哪些轉(zhuǎn)錄因子，用法示意如下

上傳BED格式的peak文件即可，在輸出結(jié)果中，會給出可能富集的轉(zhuǎn)錄因子，圖示如下

首先計算上傳的peak區(qū)間與數(shù)據(jù)庫中轉(zhuǎn)錄因子的peak區(qū)間overlap的個數(shù)，同時用隨機(jī)抽樣的方式從上傳的peak區(qū)間中進(jìn)行抽樣，計算抽樣結(jié)果與數(shù)據(jù)庫中peak的overlap個數(shù)，通過比較實(shí)際overlap與隨機(jī)抽樣的overlap個數(shù),計算Evalue值，對應(yīng)的表格數(shù)據(jù)如下

通過ReMap, 一方面可以檢索和下載轉(zhuǎn)錄因子的peak結(jié)果文件，另一方面，可以進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子富集分析。

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