如何使用igvtools可視化測(cè)序深度分布

本篇文章為大家展示了如何使用igvtools可視化測(cè)序深度分布，內(nèi)容簡(jiǎn)明扼要并且容易理解，絕對(duì)能使你眼前一亮，通過(guò)這篇文章的詳細(xì)介紹希望你能有所收獲。

igvtools是最常用的NGS數(shù)據(jù)可視化工具之一，功能非常強(qiáng)大，可以展示序列比對(duì)，拷貝數(shù)變異，突變位點(diǎn)等多種數(shù)據(jù)的分布，網(wǎng)址如下

小編主要介紹如何使用這個(gè)工具來(lái)展示測(cè)序深度的分布，對(duì)于測(cè)序深度，有多種格式的文件都存儲(chǔ)了相應(yīng)的信息，比如我們之前介紹過(guò)的bedgraph, bigwig等。igvtools當(dāng)然支持直接導(dǎo)入這種格式的文件，但是igvtools官方更推薦使用它們自己制定的一種文件格式-TDF。

TDF格式也是采用了滑動(dòng)窗口的方式，用窗口內(nèi)的數(shù)據(jù)的平均值來(lái)代表該窗口的結(jié)果，最終生成了一個(gè)二進(jìn)制的文件，這個(gè)文件igvtools處理起來(lái)更加快速。通過(guò)igvtools的命令行工具，可以由bam文件生成對(duì)應(yīng)的tdf格式的文件，用法如下

igvtools count \
-z 5 -w 10 -e 0 \
sample.bam \
sample.tdf \
genome.fa

生成了tdf格式的文件之后，就可以導(dǎo)入到igvtool之中，首選選擇對(duì)應(yīng)的基因組版本，然后通過(guò)File->Load from File導(dǎo)入對(duì)應(yīng)的文件。

為了展示的更加美觀，我們對(duì)默認(rèn)參數(shù)進(jìn)行一些調(diào)整。通過(guò)View->Preferences按鈕， 調(diào)整Charts的參數(shù)，勾選對(duì)應(yīng)的單選框，示意如下

在igvtools中，每一行展示的數(shù)據(jù)稱(chēng)之為track, 通過(guò)右鍵彈出的菜單，可以對(duì)每個(gè)track的顏色，數(shù)值范圍進(jìn)行調(diào)整。調(diào)整參數(shù)之后，可以生成如下所示的結(jié)果

igvtools也支持導(dǎo)出圖片，通過(guò)File->Save Images可以導(dǎo)出png, svg, jpeg等多種格式的文件。

上述內(nèi)容就是如何使用igvtools可視化測(cè)序深度分布，你們學(xué)到知識(shí)或技能了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或者豐富自己的知識(shí)儲(chǔ)備，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。