ceRNA數(shù)據(jù)庫(kù)的簡(jiǎn)單介紹

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在ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中，miRNA起到了橋梁的作用，通過(guò)和各種RNA分子結(jié)合，從而介導(dǎo)該調(diào)控機(jī)制的發(fā)生。starBase數(shù)據(jù)庫(kù)提供了miRNA和各種RNA分子的相互作用信息，并在此基礎(chǔ)上構(gòu)建了ceRNA網(wǎng)絡(luò)，網(wǎng)址如下

http://starbase.sysu.edu.cn/index.php

該數(shù)據(jù)庫(kù)提供了以下幾種類型的信息

1. miRNA target

2. RNA-RNA相互作用

3. ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

4. RNA和蛋白的結(jié)合信息

   
   

根據(jù)研究方法的不同，對(duì)應(yīng)5個(gè)不同的導(dǎo)航欄菜單

1. miRNA target

首先通過(guò)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載AGO蛋白的CLIP-seq測(cè)序結(jié)果，進(jìn)行peak calling分析得到miRNA結(jié)合位點(diǎn), 再利用targetscan等多款軟件的預(yù)測(cè)結(jié)果，與CLIP數(shù)據(jù)分析結(jié)果取交集，得到最終的miRNA結(jié)合位置信息，從而確定miRNA和其他RNA分子之間的相互作用信息。

通過(guò)導(dǎo)航欄的miRNA target菜單，可以查看以下4種類型的miRNA靶標(biāo)信息

1. miRNA-mRNA

2. miRNA-lncRNA

3. miRNA-circRNA

4. miRNA-pseudogene

5. miRNA-sncRNA

   
   

結(jié)果示意如下

2. Degradome-RNA

通過(guò)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的降解組測(cè)序數(shù)據(jù)分析miRNA的靶標(biāo)信息，結(jié)果示意如下

3. RNA-RNA

從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中下載LIGR-seq等研究RNA-RNA相互作用的測(cè)序數(shù)據(jù)，分析得到RNA分子之間的相互作用信息，通過(guò)導(dǎo)航欄的RNA-RNA菜單，可以查看以下4種類型的RNA分子互作信息

1. miRNA-RNA

2. mRNA-RNA

3. lncRNA-RNA

4. pseudigene-RNA

5. sncRNA-RNA

   
   

檢索結(jié)果示意如下

4. ceRNA network

通過(guò)導(dǎo)航欄的ceRNA-network菜單，可以查看ceRNA網(wǎng)絡(luò)信息，分成了以下3種類型

1. mRNA-ceRNA

2. lncRNA-ceRNA

3. pseudogene-ceRNA

   
   

對(duì)于每個(gè)ceRNA關(guān)系對(duì)，利用超幾何分布計(jì)算p值，公式如下

N代表ceRNA網(wǎng)絡(luò)中的miRNA總數(shù)，K代表該基因結(jié)合的miRNA個(gè)數(shù)，n代表構(gòu)成ceRNA關(guān)系的另外一個(gè)基因結(jié)合的miRNA個(gè)數(shù)，c代表兩個(gè)基因共同結(jié)合的miRNA個(gè)數(shù)，v2版本的數(shù)據(jù)庫(kù)可以查看具體的miRNA個(gè)數(shù)信息，示意如下

ceRNA檢索的結(jié)果示意如下

5. RBP-RNA

和miRNA target類似，通過(guò)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載RNA結(jié)合蛋白R(shí)BP CLIP-seq測(cè)序結(jié)果，進(jìn)行peak calling分析得到結(jié)合位點(diǎn)信息,同時(shí)采用homer軟件分析結(jié)合位點(diǎn)的motif，并根據(jù)靶基因提供了COSMIC數(shù)據(jù)庫(kù)的疾病注釋信息,對(duì)應(yīng)以下三個(gè)導(dǎo)航欄的菜單

1. RBP-target

2. RBP-motfi

3. RBP-disease

   
   

結(jié)果示意如下

除了以上5種基本信息外，還提供了以下兩種分析

1. pathway

對(duì)靶基因進(jìn)行kegg富集分析，通過(guò)導(dǎo)航欄的pathway菜單，可以查看以下4種類型的富集分析結(jié)果

1. mirTarPathway

2. rbpTarPathway

3. rnaTarPathway

4. ceRnaPathway

   
   

檢索結(jié)果示意如下

2. Pan-Cancer

利用TCGA中32種癌癥類型對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，進(jìn)行了pan-cancer分析，從檢索結(jié)果中的pan-cancer列可以查看詳細(xì)信息，示意如下

提供了兩個(gè)基因的共表達(dá)分析結(jié)果，提供了散點(diǎn)圖和箱線圖兩種展示形式，如下所示

通過(guò)starbase數(shù)據(jù)庫(kù)，可以查詢各種RNA分子間的互作信息以ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)信息。

到此，關(guān)于“ceRNA數(shù)據(jù)庫(kù)的簡(jiǎn)單介紹”的學(xué)習(xí)就結(jié)束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實(shí)踐的搭配能更好的幫助大家學(xué)習(xí)，快去試試吧！若想繼續(xù)學(xué)習(xí)更多相關(guān)知識(shí)，請(qǐng)繼續(xù)關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編會(huì)繼續(xù)努力為大家?guī)?lái)更多實(shí)用的文章！