miRanda和mirSVR工具有什么用

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預(yù)測miRNA結(jié)合位點(diǎn)的工具很多，以TargetScan為代表的工具，利用結(jié)合位點(diǎn)的保守性進(jìn)行預(yù)測，對(duì)于大部分保守的結(jié)合位點(diǎn)而言其準(zhǔn)確性較好，然而還是有部分miRNA結(jié)合位點(diǎn)是非常規(guī)的，在物種間并不保守，對(duì)于這部分位點(diǎn)的預(yù)測，就需要在算法上進(jìn)行改進(jìn)。

miRanda軟件通過以下兩個(gè)因素來判斷miRNA結(jié)合位點(diǎn)

1. miRNA和mRNA間的序列互補(bǔ)匹配程度

2. 形成的復(fù)合結(jié)構(gòu)的自由能

   
   

示意圖如下

直接根據(jù)序列匹配的打分值和對(duì)應(yīng)的自由能來評(píng)估結(jié)合位點(diǎn)的可能性，由于不依賴結(jié)合位點(diǎn)的保守性，能夠更加廣泛的評(píng)估m(xù)iRNA結(jié)合位點(diǎn)。

mirSVR是一套打分機(jī)制，通過一個(gè)回歸模型對(duì)miRanda預(yù)測出來的結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行打分，分值越低該結(jié)合位點(diǎn)越可靠。

開發(fā)者通過miRanda和mirSVR, 預(yù)測了人，小鼠等5個(gè)常見物種的miRNA集合位點(diǎn)信息，并將結(jié)果整理成了數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

http://www.microrna.org/microrna/home.do

該數(shù)據(jù)庫中包含的物種和miRNA數(shù)量匯總?cè)缦?/p>

支持根據(jù)miRNA或者mRNA對(duì)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索，檢索結(jié)果示意如下

可以看到，軟件預(yù)測的結(jié)果是非常多的，一個(gè)miRNA有幾千個(gè)候選的靶基因。點(diǎn)擊view targets可以看到對(duì)應(yīng)的靶基因列表和mirSVR值。

該數(shù)據(jù)庫是免費(fèi)下載的，同時(shí)還提供了miRanda軟件的下載，但是對(duì)于mirSVR打分系統(tǒng)的源代碼，目前還沒有提供。

miRanda軟件的基本用法如下

miranda miRNA.fa genome.fa  \
-sc  150  \
-en  -7 \
-out target.txt

第一個(gè)參數(shù)為miRNA的序列，第二個(gè)參數(shù)為基因組序列，比如轉(zhuǎn)錄本對(duì)應(yīng)的3’UTR序列，-sc指定序列比對(duì)打分的閾值，小于該閾值的結(jié)合位點(diǎn)會(huì)被過濾掉，-en指定自由能的閾值，結(jié)果必須小于該閾值才可以。

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