Juicebox工具有什么用

小編給大家分享一下Juicebox工具有什么用，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

Juicer軟件運行之后會得到后綴為hic的結(jié)果文件，該文件可以導(dǎo)入到j(luò)uicebox這個工具中進(jìn)行可視化。該工具是一款圖形界面工具，可以方便的查看和展示Hi-C圖譜，從以下鏈接可以下載該軟件

https://github.com/aidenlab/juicebox/wiki/Download

采用javar語言開發(fā)的GUI工具，支持多個平臺。啟動之后的界面如下所示

通過File->open可以導(dǎo)入后綴為hic的文件進(jìn)行查看，可以導(dǎo)入本地的文件，也可以輸入url。軟件也內(nèi)置了ENCODE的數(shù)據(jù)集，示意如下

雙擊即可導(dǎo)入，導(dǎo)入之后的界面如下

首先展示的是所有染色體的HI-C圖譜，通過工具欄可以選擇染色質(zhì)，調(diào)整分辨率，對交互矩陣進(jìn)行歸一化，調(diào)整顯示的染色質(zhì)區(qū)域。以17號染色質(zhì)體為例，在Chromosomes一欄中，兩列都選擇17號染色體，代表交互矩陣的行和列都是17號染色體，然后點擊右邊的刷新按鈕，結(jié)果如下

通過Normalization工具調(diào)整歸一化方法；通過Resolution工具調(diào)整分辨率；通過Goto工具調(diào)整顯示的染色體區(qū)域。

通過簡單的操作就可以查看和展示Hi-C圖譜了，除了這些基本功能外，還支持導(dǎo)入注釋文件，通過View->Show Annotation Panel可以打開注釋文件面板，注釋信息分為1D和2D的兩種，1D的主要指的是chip_seq,RNA_seq等信息，2D指的是TAD,染色質(zhì)環(huán)等信息，通過Load ENCODE可以導(dǎo)入ENCODE數(shù)據(jù)庫中的一維注釋，示意如下

勾選需要導(dǎo)入的注釋信息，通過Load進(jìn)行導(dǎo)入，打入之后界面如下

每個導(dǎo)入的track的顏色等配置可以在面板中進(jìn)行調(diào)整，如下所示

通過Load Loops/Domain可以導(dǎo)入2D的注釋信息，示意如下

導(dǎo)入之后在Hi-C圖譜中看到對應(yīng)的標(biāo)記，如下所示

黃色區(qū)域標(biāo)記的是TAD, 淺藍(lán)色區(qū)域標(biāo)記的是染色質(zhì)環(huán)，調(diào)整好之后的圖片也可以導(dǎo)出成PDF或者SVG格式。

通過juicebox, 可以動態(tài)探索Hi-C圖譜，輕松實現(xiàn)高質(zhì)量的Hi-C圖片可視化效果。

以上是“Juicebox工具有什么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！