如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具計(jì)算網(wǎng)絡(luò)相關(guān)屬性

如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具計(jì)算網(wǎng)絡(luò)相關(guān)屬性，很多新手對(duì)此不是很清楚，為了幫助大家解決這個(gè)難題，下面小編將為大家詳細(xì)講解，有這方面需求的人可以來學(xué)習(xí)下，希望你能有所收獲。

igraph工具，可以通過編程處理網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，該工具使用與大規(guī)模，大批量數(shù)據(jù)的處理。如果只是偶爾需要分析下網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，采用cytoscape這種圖形界面工具更加的簡(jiǎn)單便捷。

cytoscape相信很多人都用過，通常都是用來進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)的可視化，對(duì)于分析網(wǎng)絡(luò)的基本拓?fù)鋵傩裕热缬?jì)算clustering coefficient值等，在cytoscape中也可以方便的得到。

在cytoscape3.0版本以后，集成了NetworkAnalyzer工具，這個(gè)工具可以方便的計(jì)算常用的拓?fù)鋵傩?。通過Tools->NetworkAnalyzer可以打開該工具，分析的結(jié)果會(huì)在右側(cè)的結(jié)果面板顯示，常用的結(jié)果展示如下

1. Simple Parameter

會(huì)給出網(wǎng)絡(luò)的clustering coefficient，density等值，示意如下

2. Node Degree Distribution

對(duì)于一個(gè)scale-free network 而言，節(jié)點(diǎn)的度數(shù)分布符合冪律分布，該部分可以估計(jì)出對(duì)應(yīng)的系數(shù)

3. Shorest Path Length Distribution

由于真實(shí)網(wǎng)絡(luò)的small-world effect效用，network中的最短路徑的值都非常小，從下圖也可以看出，最大為7

4. Betweenness Centrality

5. Closeness Centrality

除此之外，還有很多圖論中專屬的描述網(wǎng)絡(luò)的一些特征和屬性，就不一一展示了。通過NetworkAnalyzer工具， 可以快速得到常見的network基本屬性。

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