如何實(shí)現(xiàn)cytoscape-cytoHubba插件的安裝與使用

這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)如何實(shí)現(xiàn)cytoscape-cytoHubba插件的安裝與使用，文章內(nèi)容質(zhì)量較高，因此小編分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后對相關(guān)知識有一定的了解。

cytoscape-cytoHubba插件的安裝與使用

一、cytoHubba插件

1.利用cytoHubba插件通過拓?fù)渚W(wǎng)絡(luò)算法給每個基因賦值，排序挖掘關(guān)鍵基因(hub gene)和子網(wǎng)絡(luò)

• 
  

• Degree

• Edge Percolated component

• Maximum neighborhood component

• Density of Maximum Neighborhood Component

• Maximal Clique Centrality

• six centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress)

• cytoHubba根據(jù)nodes在網(wǎng)絡(luò)中的屬性進(jìn)行排名。它提供了11種拓?fù)浞治龇椒?，包?

2.插件下載與安裝

在cytoscape App Store（鏈接：Cytoscape App Store）中搜索cytoHubba插件，進(jìn)行download

點(diǎn)擊Apps-App Manager，點(diǎn)擊install from file

找到cytoHubba的存放路徑，打開之后就安裝好了

3.cytoHubba插件使用

打開cytoscape導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)之后，在Apps點(diǎn)擊cytoHubba

1、首先選擇左邊的cytoHubba進(jìn)入工作頁面

2、選target network擇待分析的網(wǎng)絡(luò)

3、點(diǎn)擊calculate

4、點(diǎn)擊Top，可根據(jù)自身課題需要，調(diào)整提取關(guān)鍵基因的數(shù)量

5、下方Closeness可下拉選擇計算方法

6、Particular nodes：選擇感興趣的基因進(jìn)行分析（一般是對整個網(wǎng)絡(luò)分析的話，此項可以忽略）

5、點(diǎn)擊左下方：顯示最短的路徑；顯示出hub gene連接到的第一個節(jié)點(diǎn)；顯示出最長的子網(wǎng)絡(luò)）

6、右邊的列表就顯示關(guān)鍵基因的排名：顏色越深，證明分?jǐn)?shù)越高，越顯著

關(guān)于如何實(shí)現(xiàn)cytoscape-cytoHubba插件的安裝與使用就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，可以學(xué)到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。