SMART數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)SMART數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用，小編覺(jué)得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

SMART是蛋白結(jié)構(gòu)域的數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)最新版本為v8,收錄了1300多個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)域信息，覆蓋了來(lái)自u(píng)niprot, ensembl等多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白。官網(wǎng)如下

http://smart.embl-heidelberg.de/

該數(shù)據(jù)庫(kù)有以下兩種模式

1. normal

2. genomic

   
   

normal模式下包含了所有uniprot, ensembl的蛋白質(zhì)信息，這些蛋白序列是存在冗余的，genomic模式下只包含了擁有完整蛋白質(zhì)組的物種的信息。

兩種模式可以通過(guò)SETUP菜單進(jìn)行切換，通過(guò)顏色可以辨別所處的模式，示意如下

通過(guò)右上角的Search SMART按鈕，可以檢索該數(shù)據(jù)庫(kù)，支持以下蛋白名稱和domain兩種檢索方式。

輸入uniprot或者ensembl 數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白ID進(jìn)行檢索，示例如下，根據(jù)uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白IDC1S_HUMAN進(jìn)行檢索

http://smart.embl-heidelberg.de/smart/show_motifs.pl?ID=C1S_HUMAN

檢索頁(yè)面包含如下結(jié)果

1.  domian 結(jié)構(gòu)圖

從圖中，可以看出，該蛋白質(zhì)包括以下5種domain

1. CUB

2. EGF_CA

3. CCP

4. Tryp_SPc

   
   

還提供了每個(gè)結(jié)構(gòu)域的位置信息

2. 蛋白質(zhì)相互作用

提供了來(lái)自STRING數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白相互作用信息，示意如下

3.  pathway 信息

提供了Metabolic pathway 和 Kegg pathway 兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的通路注釋信息，示意如下

4. orthology group 注釋

提供了來(lái)自eggNOG數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋信息，示意如下

5. 轉(zhuǎn)錄后修飾

提供了來(lái)自PTM數(shù)據(jù)庫(kù)的轉(zhuǎn)錄后修飾信息，示意如下

按照domain進(jìn)行檢索，示例如下，根據(jù)domian名稱CUB進(jìn)行檢索。對(duì)于每個(gè)domain, 采用SM開(kāi)頭的編號(hào)唯一標(biāo)識(shí)，同時(shí)提供了和其他數(shù)據(jù)庫(kù)的關(guān)聯(lián)信息，還支持下載多序列比對(duì)的結(jié)果。