AmiGO2工具有什么用

這篇文章給大家分享的是有關(guān)AmiGO2工具有什么用的內(nèi)容。小編覺(jué)得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，一起跟隨小編過(guò)來(lái)看看吧。

GO數(shù)據(jù)庫(kù)的信息是非常龐大的，為了有效的檢索和瀏覽GO數(shù)據(jù)庫(kù)的信息，官方提供了AmiGO, 可以方便的瀏覽，查詢和下載對(duì)應(yīng)信息，官網(wǎng)如下

http://amigo.geneontology.org/amigo/landing

Broswer功能，采用樹狀結(jié)構(gòu)，提供了GO的層級(jí)分類信息，示意圖如下

鼠標(biāo)單擊某個(gè)對(duì)應(yīng)的分類，會(huì)彈出如下對(duì)話框

點(diǎn)擊Term的鏈接，可以查看該層級(jí)下，所有的Gene Ontology 信息，而且可以下載，示意圖如下

通過(guò)樹狀瀏覽器，可以方便的根據(jù)功能對(duì)GO數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行篩選。

search功能，提供了3種數(shù)據(jù)的查詢方法

1. Annotations

2. Ontology

3. Genes and gene products

   
   

在檢索時(shí)，支持不同的篩選條件，而且可以自定義的下載數(shù)據(jù)。

1. Annotations

該頁(yè)面提供了物種的GO注釋信息，頁(yè)面如下

在頁(yè)面右側(cè)的菜單欄, 可以根據(jù)如下條件對(duì)結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾

通過(guò)Download按鈕可以下載數(shù)據(jù)。

2. Ontology

該頁(yè)面可以對(duì)所有Go Tems進(jìn)行查詢和篩選，示意圖如下

目前共有44997個(gè)Go Tems, 在頁(yè)面右側(cè)的菜單欄，可以根據(jù)Ontology source和SubSet進(jìn)行篩選。

Ontology source 指的是GO的三大類型，通過(guò)+將對(duì)應(yīng)的條件添加到篩選條件中，目前，BP共有29682個(gè)Go Tems;MF共有11120個(gè)GO Terms;CC 共有4195個(gè)Go Tems。

Subset 代表Go slim, 指的是Go 數(shù)據(jù)庫(kù)的子集，可以根據(jù)研究物種的范圍篩選合適的Go skim。

篩選完成后，可以通過(guò)Custom DL下載對(duì)應(yīng)結(jié)果，一次最多下載100000條記錄。點(diǎn)擊下載按鈕，首先選擇需要下載的列，這里我選擇如下3列

得到的數(shù)據(jù)如下

GO:0015009 corrin metabolic process biological_process
GO:0015010 tetrahydrocorphin metabolic process biological_process

第一列GO編號(hào)，第二列描述信息，第三列分類，通過(guò)這種方式可以方便的得到所有Go Terms的信息。

3. Genes and gene products

該頁(yè)面提供了基因產(chǎn)物和GO之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系，示意如下

在頁(yè)面右側(cè)的菜單欄, 可以根據(jù)如下條件對(duì)結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾

除了以上基本功能外，AmiGO2 還提供了很多實(shí)用的小工具，比如Visuzlize功能，可視化的展示某個(gè)Go Terms 在整個(gè)GO 數(shù)據(jù)庫(kù)中的位置。

在輸入框輸入GO編號(hào)就行了，示意結(jié)果如下

會(huì)畫出輸入的Go Terms到根節(jié)點(diǎn)的結(jié)構(gòu)，更多的功能請(qǐng)移步官網(wǎng)。

感謝各位的閱讀！關(guān)于“AmiGO2工具有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，讓大家可以學(xué)到更多知識(shí)，如果覺(jué)得文章不錯(cuò)，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！