R語言畫棒棒糖圖展示snp在基因上的位置是怎樣的

今天在一個微信群里看見有人問下面兩幅圖用R語言如何實(shí)現(xiàn)

 

 

兩列數(shù)據(jù)x,y用來控制散點(diǎn)的位置，一列變量用來映射顏色，F(xiàn)requency用來映射大小。這個實(shí)現(xiàn)起來相對比較容易。還有一列用來添加文字標(biāo)簽

下面我們構(gòu)造一份數(shù)據(jù)集用來畫圖

df<-data.frame(pvalue=sample(seq(0,1,by=0.001),20,replace=F),
               Effect_size=sample(seq(-2,2,by=0.05),20,replace = F),
               frequency=sample(seq(0,1,by=0.01),20,replace=F),
               color=sample(c("A","B"),20,replace = T),
               text=LETTERS[1:20])
df               
library(ggplot2)
library(ggrepel)
ggplot(df,aes(x=Effect_size,y=pvalue,size=frequency))+
  geom_point(aes(color=color),alpha=0.5)+
  theme_bw()+
  scale_size_continuous(range = c(5,10))+
  geom_text_repel(aes(label=text),size=5)

 

印象里好像是看見過有公眾號推文介紹這個圖。我翻了翻之前轉(zhuǎn)發(fā)過的朋友圈還真找到了。有一個專門的包 trackViewer

這個包對應(yīng)的論文是

trackViewer: a Bioconductor package for interactive and integrative visualization of multi-omics data. Nature Methods https://www.nature.com/articles/s41592-019-0430-y

github主頁 https://github.com/jianhong/trackViewer

一份很詳細(xì)的幫助文檔 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/trackViewer/inst/doc/trackViewer.html

文檔中實(shí)現(xiàn)的圖片有

 

 

等等。

今天就不重復(fù)文檔中的每個例子了。知道有這個包可以實(shí)現(xiàn)這個功能就可以了。重復(fù)一個最基本的例子

library(trackViewer)
SNP <- c(10, 12, 1400, 1402)
sample.gr <- GRanges("chr1", IRanges(SNP, width=1, names=paste0("snp", SNP)))
features <- GRanges("chr1", IRanges(c(1, 501, 1001), 
                                    width=c(120, 400, 405),
                                    names=paste0("block", 1:3)))
features$fill <- c("#FF8833", "#51C6E6", "#DFA32D")
sample.gr$color <- sample.int(6, length(SNP), replace=TRUE)
sample.gr$border <- sample(c("gray80", "gray30"), length(SNP), replace=TRUE)
lolliplot(sample.gr, features)