怎么用Python繪圖

這篇文章主要介紹“怎么用Python繪圖”，在日常操作中，相信很多人在怎么用Python繪圖問(wèn)題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡(jiǎn)單好用的操作方法，希望對(duì)大家解答”怎么用Python繪圖”的疑惑有所幫助！接下來(lái)，請(qǐng)跟著小編一起來(lái)學(xué)習(xí)吧！

一. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

數(shù)據(jù)說(shuō)明
示例數(shù)據(jù)，其中數(shù)據(jù)均為虛擬數(shù)據(jù)，與實(shí)際生物學(xué)過(guò)程無(wú)關(guān)
文件名：dataset_volcano.txt
列分別為基因 （gene），差異倍數(shù)（logFC），t-test的P值（P.Value）

二. 繪制火山圖

Step 1: 導(dǎo)入數(shù)據(jù)：

import pandas as pd # Data analysis
import numpy as np # Scientific computing
import seaborn as sns # Statistical visualization

# 讀取數(shù)據(jù)
df = pd.read_csv('./dataset_volcano.txt', sep='\t')
result = pd.DataFrame()
result['x'] = df['logFC']
result['y'] = df['P.Value']
result['-log10(pvalue)']=-df['P.Value'].apply(np.log10)

Step2: 設(shè)置閾值

# 設(shè)置pvalue和logFC的閾值
cut_off_pvalue = 0.0000001
cut_off_logFC = 1

Step3: 設(shè)置分組

#分組為up, normal, down
result.loc[(result.x> cut_off_logFC )&(result.y < cut_off_pvalue),'group'] = 'up'
result.loc[(result.x< -cut_off_logFC )&(result.y < cut_off_pvalue),'group'] = 'down'
result.loc[(result.x>=-cut_off_logFC )&(result.x<=cut_off_logFC )|(result.y >= cut_off_pvalue),'group'] = 'normal'

Step4: 繪制散點(diǎn)圖

#繪制散點(diǎn)圖
ax = sns.scatterplot(x="x", y="-log10(pvalue)",
                      hue='group',
                      hue_order = ('down','normal','up'),
                      palette=("#377EB8","grey","#E41A1C"),
                      alpha=0.5,
                      s=15,
                      data=result)

Step5: 設(shè)置散點(diǎn)圖

#確定坐標(biāo)軸顯示范圍
xmin=-6
xmax=10
ymin=7
ymax=13

ax.spines['right'].set_visible(False) #去掉右邊框
ax.spines['top'].set_visible(False) #去掉上邊框

ax.vlines(-cut_off_logFC, ymin, ymax, color='dimgrey',linestyle='dashed', linewidth=1) #畫豎直線
ax.vlines(cut_off_logFC, ymin, ymax, color='dimgrey',linestyle='dashed', linewidth=1) #畫豎直線
ax.hlines(-np.log10(cut_off_pvalue), xmin, xmax, color='dimgrey',linestyle='dashed', linewidth=1) #畫豎水平線
ax.set_xticks(range(xmin, xmax, 4))# 設(shè)置x軸刻度
ax.set_yticks(range(ymin, ymax, 2))# 設(shè)置y軸刻度
ax.set_ylabel('-log10(pvalue)',fontweight='bold') # 設(shè)置y軸標(biāo)簽
ax.set_xlabel('log2(fold change)',fontweight='bold') # 設(shè)置x軸標(biāo)簽

到此，關(guān)于“怎么用Python繪圖”的學(xué)習(xí)就結(jié)束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實(shí)踐的搭配能更好的幫助大家學(xué)習(xí)，快去試試吧！若想繼續(xù)學(xué)習(xí)更多相關(guān)知識(shí)，請(qǐng)繼續(xù)關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編會(huì)繼續(xù)努力為大家?guī)?lái)更多實(shí)用的文章！