Ovito是一款功能強(qiáng)大的原子分子可視化及分析軟件，它支持在Linux系統(tǒng)中進(jìn)行界面操作。以下是在Linux中使用Ovito進(jìn)行界面操作的基本步驟和一些高級(jí)技巧：
安裝Ovito
- 在Linux系統(tǒng)中，首先需要下載Ovito的安裝包。對(duì)于Ubuntu系統(tǒng)，可以從OVITO官網(wǎng)下載適合Linux版本的安裝包。
- 下載完成后，解壓安裝包，并雙擊bin文件夾中的ovito可執(zhí)行文件以運(yùn)行Ovito。
- 如果遇到權(quán)限問題，可以在命令前加上sudo。
界面操作基本步驟
- 打開Ovito后，可以直接拖入LAMMPS的data輸入文件或dump輸出文件等，Ovito將顯示模型。
- Ovito支持多種分析功能，如Modifier分析和Pipeline分析，可以通過界面上的工具進(jìn)行操作。
- 進(jìn)行空間平均作圖等高級(jí)操作，可以通過界面上的Compute Property選項(xiàng)進(jìn)行。
Ovito在Linux中的并行計(jì)算
- Ovito支持在Linux中進(jìn)行并行計(jì)算，可以通過命令行參數(shù)指定線程數(shù)來優(yōu)化計(jì)算效率。
- 例如，使用
ovitos --nthreads 40 test.py命令可以指定使用40個(gè)線程進(jìn)行計(jì)算。
Ovito的高級(jí)功能
- Ovito支持空間平均作圖，可以通過界面上的Compute Property選項(xiàng)和Color Coding功能實(shí)現(xiàn)，使原子應(yīng)力云圖分布更加均勻和美觀。
- Ovito還支持遠(yuǎn)程調(diào)用集群上的原子構(gòu)型文件，可以在HPC Studio可視化平臺(tái)上直接使用OVITO進(jìn)行快速查看。
通過上述步驟，你可以在Linux系統(tǒng)中高效地使用Ovito進(jìn)行原子分子可視化及分析。如果你需要更詳細(xì)的使用指南或遇到問題，可以參考Ovito的官方文檔或社區(qū)論壇。
