Ovito是一個功能強(qiáng)大的可視化軟件，用于分析和可視化分子、原子和材料的結(jié)構(gòu)。在Linux系統(tǒng)中，優(yōu)化Ovito的性能可以通過并行數(shù)據(jù)處理、調(diào)整運(yùn)行參數(shù)和使用配置文件等方法來實(shí)現(xiàn)。以下是一些具體的優(yōu)化技巧：
Ovito并行數(shù)據(jù)處理
- Windows下并行：Ovito 3.0以后版本支持線程并行，默認(rèn)調(diào)用邏輯處理器進(jìn)行并行計(jì)算。例如，在4核處理器上，執(zhí)行PTM分析時，可以看到8個線程并行運(yùn)行。
- Linux圖形界面下并行：在Linux圖形界面下，Ovito可以調(diào)用多個線程進(jìn)行并行計(jì)算，如Atomic Strain計(jì)算。
- Linux命令行下并行：通過命令行使用ovitos執(zhí)行Python腳本時，可以指定線程數(shù)來優(yōu)化并行效率。
Ovito配置文件優(yōu)化
- 并行modifier支持：Ovito支持并行計(jì)算的modifier包括PTM、CNA、Atomic Strain等。在執(zhí)行這些modifier時，Ovito默認(rèn)調(diào)用處理器最大線程，無需用戶指定線程數(shù)。
- 命令行計(jì)算優(yōu)化：掌握ovitos命令行計(jì)算，可以將ovito數(shù)據(jù)處理作為計(jì)算腳本提交到slurm、pbs等隊(duì)列中，實(shí)現(xiàn)更為高效的數(shù)據(jù)處理。
Ovito運(yùn)行參數(shù)調(diào)整
- 使用ovitos命令行執(zhí)行：通過ovitos命令行執(zhí)行Python腳本時，可以指定
--nthreads參數(shù)來控制使用的線程數(shù)，從而優(yōu)化性能。
通過上述技巧，用戶可以在Linux系統(tǒng)中優(yōu)化Ovito的性能，提高數(shù)據(jù)處理速度和分析效率。
