Linux下如何安裝conda包管理工具

conda是一個(gè)包，依賴和環(huán)境管理工具，適用于多種語言，如: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN。

conda下載

直接在搜索引擎搜索 conda 清華，進(jìn)入Anaconda | 鏡像站使用幫助 | 清華大學(xué)開源軟件鏡像站 | Tsinghua…，找到“Miniconda 安裝包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下載?！?，點(diǎn)擊下載頁面，下載軟件并安裝。（miniconda是anaconda的輕量級替代，安裝它就不用安裝anaconda，miniconda的功能足夠我們后續(xù)安裝軟件使用，不需要同時(shí)安裝兩個(gè)）,我安裝的是miniconda。 根據(jù)自己的Linux系統(tǒng)選擇安裝對應(yīng)的版本

miniconda安裝

安裝最新版本的linux版示例：bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh,你可能會(huì)遇到下面的提示：

Please, press ENTER to continue>>># 此處直接點(diǎn)擊enter即可===================================
Miniconda End User License Agreement
===================================
.......# 這里點(diǎn)擊好幾次空格鍵，直到出現(xiàn)下面行Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>># 這里輸入yes，點(diǎn)擊enter# 如果輸入錯(cuò)誤，比如輸入yess，又刪除不了，此時(shí)你應(yīng)該按enter,重新輸入yes即可[/home/you/miniconda2] >>># 遇到此處時(shí)，直接enter即可# 這里的絕對路徑是指miniconda2的安裝路徑installation finished.
Do you wish the installer to initialize Miniconda2in your /home/you/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>># 這里輸入yes# 剛開始學(xué)的人最好輸入yes，目的是讓conda自動(dòng)給你配置環(huán)境變量# 輸入yes的結(jié)果是：~/.bashrc這里文件里最后幾行多了conda的配置信息# less ~/.bashrc,多出來的配置信息第一行如下：# added by Miniconda2 4.5.12 installer.......

Thank you for installing Miniconda2!# 出現(xiàn)這個(gè)代表安裝成功# 執(zhí)行下面語句source ~/.bashrc# 執(zhí)行后，本身就是沒有任何提示conda --help# 出現(xiàn)conda的幫助文檔信息，即表明conda安裝成功# 這里很重要，不管安裝什么軟件，都要檢測是否安裝成功！# 如下所示usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:
......# 繼續(xù)調(diào)取conda子命令的幫助文檔，如conda create --helpconda install --help

miniconda配置鏡像

因?yàn)閏onda安裝軟件類似R需要從就近的鏡像里安裝包一樣，因此軟件安裝成功后，必須配置鏡像；但是不同于R安裝包，這里軟件安裝一次，只需要設(shè)置一次鏡像，此后不需要再次設(shè)置！

當(dāng)然，R語言也可以通過寫配置文件，達(dá)到一次設(shè)置，永久使用鏡像的目的。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

將上述語句，一句一句運(yùn)行在linux命令行上，即復(fù)制一句，按一下enter鍵，原則上沒有任何提示即為設(shè)置成功； 配置信息保存在 ~/.condarc 里，cat ~/.condarc即可查看！

創(chuàng)建小環(huán)境

安裝軟件前，先設(shè)置一個(gè)小環(huán)境，不要直接在自己賬戶的當(dāng)前環(huán)境內(nèi)安裝軟件；

怎么理解這句話呢？比如你在家里的儲藏室放了A東西，但是你還可以再放進(jìn)去一個(gè)柜子，柜子里還可以繼續(xù)儲藏東西，這個(gè)柜子就類似一個(gè)小儲藏室，一個(gè)小環(huán)境，并且儲藏室的環(huán)境包含了這個(gè)柜子的環(huán)境~

你可以創(chuàng)建很多小環(huán)境名，有的小環(huán)境壞了，你不要就可以了，就好比柜子壞了，你可以扔了，但是如果你把自己賬戶環(huán)境折騰壞了，好比儲藏室被你搞壞了，那恢復(fù)的代價(jià)就高了~~~

conda create -n rna# 創(chuàng)建一個(gè)小環(huán)境名為rnaconda install python=2# 安裝python 2版本# 以上兩句話可以等同于一句命令：conda create -n rna python=2

查看小環(huán)境

conda info -e
conda info --envs
conda env list# 都是來查看已經(jīng)存在小環(huán)境名的# 運(yùn)行后如下：rna即為剛剛建立成功的小環(huán)境名$ conda info -e# conda environments:#base                  *  /home/you/miniconda2
rna                      /home/you/miniconda2/envs/rna
進(jìn)入小環(huán)境
創(chuàng)建小環(huán)境后，安裝軟件前，一定要進(jìn)入/激活小環(huán)境在安裝，否則會(huì)安裝到當(dāng)前賬戶環(huán)境下。source activate rna：激活小環(huán)境名為rna的環(huán)境

激活成功顯示為：(rna) you 16:49:30 ~，用戶名前多了(rna)

進(jìn)入小環(huán)境

創(chuàng)建小環(huán)境后，安裝軟件前，一定要進(jìn)入/激活小環(huán)境在安裝，否則會(huì)安裝到當(dāng)前賬戶環(huán)境下。

source activate rna：激活小環(huán)境名為rna的環(huán)境

激活成功顯示為：(rna) you 16:49:30 ~，用戶名前多了(rna)

查找軟件

• 從conda網(wǎng)頁內(nèi)查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html

• conda search PACKAGENAME：運(yùn)行命令查找是否存在

  推薦第一種；

安裝軟件

第一步：先從bioconda鏡像查看軟件名具體是什么？一個(gè)字母都不能錯(cuò)

第二步：conda install 軟件名

第三步：成功調(diào)取軟件幫助文檔==確定安裝成功

這里有點(diǎn)類似R包的安裝，裝后需要library()一下，才能確認(rèn)安裝成功

安裝方法：conda install -y sra-tools trim-galore

參數(shù)解釋：-y要不要均可，是問你同不同意安裝，不要的時(shí)候，需要手動(dòng)輸入一個(gè)y，自己嘗試后就理解了這句話含義；sra-tools trim-galore安裝兩款軟件，默認(rèn)安裝最新版； 注意 trim-galore 一個(gè)字都不能錯(cuò)，一個(gè)字都不能錯(cuò)，重要的事情說三遍！

指定軟件安裝版本

conda install numpy=1.11：即安裝能模糊匹配到numpy版本為1.11

conda install numpy==1.11：即精確安裝numpy為1.11的版本

更新軟件

conda update conda：更新conda

conda update bwa：更新bwa；前提是已經(jīng)安裝成功bwa

查看已安裝軟件

conda list：在當(dāng)前小環(huán)境下，列舉所有安裝軟件。

示例：

source activate rna

conda list

列舉rna小環(huán)境內(nèi)安裝的所有軟件

退出小環(huán)境

conda deactivate: linux下conda退出小環(huán)境命令

移除小環(huán)境

conda env remove --name bio-env：刪除小環(huán)境及里面的內(nèi)容

其他注意內(nèi)容

pip安裝

先安裝python，才能使用pip安裝python的軟件，如pip install multiqc

miniconda安裝失敗

• 刪除安裝目錄，如果安裝到了/home/you/miniconda2里，執(zhí)行rm -r /home/you/miniconda2
• 刪掉~/.bashrc最后幾行conda寫入的信息(# added by Miniconda2 4.5.12 installer下面幾行一般都是)，如果沒有# added by Miniconda2 4.5.12 installer的話，即表明conda配置的信息沒寫入成功

然后按照上述步驟重新安裝！

conda網(wǎng)絡(luò)錯(cuò)誤

報(bào)錯(cuò)如下；

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url Elapsed: -An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.

實(shí)際上，我已經(jīng)設(shè)置好了鏡像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --set show_channel_urls yesconda config --showconda install -y -c bioconda homer

人為指定channel 可以解決bug

conda install -y -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda homer

conda 安裝軟件經(jīng)常沖突

事實(shí)上不可能有十全十美的工具，conda非常簡易的管理了多個(gè)軟件流程，那么必然也會(huì)有解決不了的事情，必然同一個(gè)流程的兩個(gè)python軟件基于不同版本的python包，就尷尬了。

Solving environment: failedUnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:  - rsemUse "conda info " to see the dependencies for each package.

沒什么好的辦法，只能說把沖突的工具安裝到不同的子環(huán)境。

Solving environment: failedPackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:  - salmon  - boost=1.64  - salmon  - libcxx==4.0.0

配置鏡像出錯(cuò)

conda: command not found# 表明環(huán)境變量里找不到conda這個(gè)軟件# 出錯(cuò)原因：.bashrc里沒有配置conda的PATH或者配置過但是沒有source ~/.bashrc# 檢驗(yàn)方法：運(yùn)行echo $PATH，查看是否含有conda安裝路徑Warning: 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge' already in 'channels' list, moving to the top# 表明之前已經(jīng)運(yùn)行過這句代碼# 復(fù)制鏡像配置語句時(shí)復(fù)制錯(cuò)誤，需要重新配置時(shí)，需要?jiǎng)h除鏡像配置文件rm ~/.condarc # 然后重新配置，參考miniconda配置鏡像

總結(jié)

一步安裝conda并且配置好一個(gè)ngs組學(xué)環(huán)境

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh# miniconda2軟件下載成功bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh# 遇到y(tǒng)es/no輸入yes，其他直接enter搞定source ~/.bashrcconda --help# miniconda2安裝成功，并成功配置好環(huán)境變量conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --set show_channel_urls yes# 配置鏡像成功conda create -n rna python=2# 創(chuàng)建小環(huán)境成功，并成功安裝python2版本# 每建立一個(gè)小環(huán)境，都要裝一個(gè)python=2的軟件作為依賴source activate rna# 成功激活進(jìn)入小環(huán)境，即可安裝軟件conda install -y fastqc# 出現(xiàn)三個(gè)done,即表示安裝成功，否則重新提交命令fastqc --help# 成功出現(xiàn)幫助文檔，fastqc軟件安裝成功conda install -y sra-tools# 出現(xiàn)三個(gè)done,即表示安裝成功，否則重新提交命令prefetch --help# 成功出現(xiàn)幫助文檔，sra-tools軟件安裝成功# 安裝什么軟件，并不等于調(diào)用什么命令--helpsource deactivate# 成功退出rna小環(huán)境# 或直接退出當(dāng)前賬戶