怎么在Docker中使用R語言

1：輕松開發(fā)

OpenCPU 系統(tǒng)的旗艦是 OpenCPU 服務(wù)器：它是一個成熟且強大的 Linux 棧，用于在系統(tǒng)和應用程序中嵌入 R。因為 OpenCPU 是完全開源的，我們可以在 DockerHub 上構(gòu)建和發(fā)布。可以使用以下命令啟動一個可以立即使用的 OpenCPU 和 RStudio 的 Linux 服務(wù)器（使用端口 8004 或 80）：

docker run -t -p 8004:8004 opencpu/rstudio

現(xiàn)在只需在你的瀏覽器打開 http://localhost:8004/ocpu/ 和 http://localhost:8004/rstudio/ 即可！在 rstudio 中用用戶 opencpu（密碼：opencpu）登錄來構(gòu)建或安裝應用程序。有關(guān)詳細信息，請參閱自述文件。

Docker 讓開始使用 OpenCPU 變得簡單。容器給你一個充分靈活的 Linux 機器，而無需在系統(tǒng)上安裝任何東西。你可以通過 rstudio 服務(wù)器安裝軟件包或應用程序，也可以使用 docker exec 進入到正在運行的服務(wù)器的 root shell 中：

# Lookup the container IDdocker ps# Drop a shelldocker exec -i -t eec1cdae3228 /bin/bash

你可以在服務(wù)器的 shell 中安裝其他軟件，自定義 apache2 的 httpd 配置（auth，代理等），調(diào)整 R 選項，通過預加載數(shù)據(jù)或包等來優(yōu)化性能。

2： 通過 DockerHub 發(fā)布和部署

最強大的是，Docker 可以通過 DockerHub 發(fā)布和部署。要創(chuàng)建一個完全獨立的應用程序容器，只需使用標準的 opencpu 鏡像并添加你的程序。

出于本文的目的，我通過在每個倉庫中添加一個非常簡單的 “Dockerfile”，將一些示例程序打包為 docker 容器。例如：nabel 的 Dockerfile 包含以下內(nèi)容：

FROM opencpu/base
RUN R -e 'devtools::install_github("rwebapps/nabel")'

它采用標準的 opencpu/base 鏡像，并從 Github 倉庫安裝 nabel。最終得到一個完全隔離、獨立的程序。任何人可以使用下面這樣的命令啟動程序：

docker run -d 8004:8004 rwebapps/nabel

-d 代表守護進程監(jiān)聽 8004 端口。很顯然，你可以調(diào)整 Dockerfile 來安裝任何其它的軟件或設(shè)置你需要的程序。

容器化部署展示了 Docker 的真正能力：它可以發(fā)布可以開箱即用的獨立軟件，而無需安裝任何軟件或依賴付費托管的服務(wù)。如果你更喜歡專業(yè)的托管，那會有許多公司樂意在可擴展的基礎(chǔ)設(shè)施上為你托管 docker 程序。

3： 跨平臺構(gòu)建

還有 Docker 用于 OpenCPU 的第三種方式。每次發(fā)布，我們都構(gòu)建 6 個操作系統(tǒng)的 opencpu-server 安裝包，它們在 https://archive.opencpu.org 上公布。這個過程已經(jīng)使用 DockerHub 完全自動化了。以下鏡像從源代碼自動構(gòu)建所有棧：

• opencpu/ubuntu-16.04
• opencpu/debian-9
• opencpu/fedora-25
• opencpu/fedora-26
• opencpu/centos-6
• opencpu/centos-7

當 GitHub 上發(fā)布新版本時，DockerHub 會自動重建此鏡像。要做的就是運行一個腳本，它會取回鏡像并將 opencpu-server 二進制復制到歸檔服務(wù)器上。