如何利用ggplot2進行火山圖的繪制

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利用ggplot2進行火山圖的繪制

ggplot2包繪制火山圖
加載R包以及案例數(shù)據(jù)temp1

 library('ggplot2')
 head(temp1,10)
       -log10FDR      logFC Regulate
64170   1.971938 -2.2884388     Down
6674    1.864104 -1.2460804     Down
7401    1.864104  1.2950939       Up
57217   1.864104 -1.2676311     Down
50613   1.801074  1.6640064       Up
3433    1.801074  4.2696415       Up
54830   1.801074 -1.9012811     Down
54886   1.801074 -1.5446208     Down
6355    1.801074  1.4273926       Up
338324  1.801074  0.9592775   Normal

數(shù)據(jù)解釋: 數(shù)據(jù)框temp1，行名為GeneID，第一列為-log10FDR，數(shù)據(jù)愈大，該基因變化為顯著，第二列為logFC，實際表示log2FC，為差異變化倍數(shù)，第三列為上下調(diào)信息，基于第一列和第二列的信息的閾值進行篩選獲得，需要給這一列信息進行設(shè)置，設(shè)置為有序因子，方便后續(xù)圖片顏色設(shè)置

temp1$Regulate=factor(temp1$Regulate, levels=c("Up","Down","Normal"), order=T)

繪圖,繪制成點圖

P_volcano=ggplot(temp1,aes(x=temp1$logFC,y=temp1[,"-log10FDR"]))+
            geom_point(aes(color=temp1$Regulate))+

            #設(shè)置點的顏色
            scale_color_manual(values =c("Up" = "red", "Down" = "blue", "Normal" = "grey"))+
            labs(x="log2FC",y="-log10FDR")+

            #增加閾值線:分別對應(yīng)FDR=0.05,|log2FC|=1
            geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype=4)+
            geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)+
            xlim(-5,5)+
            theme(plot.title = element_text(size = 25,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
                    legend.title = element_blank(),
                    legend.text = element_text(size = 18, face = "bold"),
                    legend.position = 'right',
                    legend.key.size=unit(0.8,'cm'),
                    axis.ticks.x=element_blank(),
                    axis.text.x=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
                    axis.text.y=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
                    axis.title.x = element_text(size = 20,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
                    axis.title.y = element_text(size = 20,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
                    panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = "black"),
                    panel.grid.minor = element_blank(),
                    panel.grid.major = element_blank(),
                    plot.background = element_rect(fill = "transparent",colour = "black"))
P_volcano

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