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GEOquery如何讀取本地表達(dá)矩陣壓縮包

發(fā)布時(shí)間：2022-02-24 11:44:14 來源：億速云 閱讀：564 作者：小新 欄目：開發(fā)技術(shù)

這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)GEOquery如何讀取本地表達(dá)矩陣壓縮包，小編覺得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

利用GEOquery包的getGEO()可以進(jìn)行芯片相關(guān)數(shù)據(jù)的下載，不過，有人反映不少芯片的表達(dá)矩陣下載經(jīng)常出錯(cuò)，可以通過手動(dòng)下載的方式將矩陣文件下載到對(duì)應(yīng)的工作路徑中：

矩陣文件的基本命名格式：GSEXXXXX_series_matrix.txt.gz

為了避免手動(dòng)整理，可以利用getGEO讀取本地本地的矩陣文件，例如（以GSE66597為例）：

workdir = "F:/GEO/20180605/download/GSE66597"

#設(shè)置工作路徑

setwd(workdir)

gset = getGEO(filename="./GSE66597_series_matrix.txt.gz",AnnotGPL=TRUE,destdir=workdir)

可以讀取對(duì)應(yīng)的矩陣文件外，還可以將其相關(guān)的平臺(tái)注釋信息文件下載到對(duì)應(yīng)的工作目錄（保存目錄設(shè)置成工作目錄）。

完成本都讀取之后可以按照常規(guī)方法進(jìn)行數(shù)據(jù)的提取和整理。

關(guān)于“GEOquery如何讀取本地表達(dá)矩陣壓縮包”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，使各位可以學(xué)到更多知識(shí)，如果覺得文章不錯(cuò)，請(qǐng)把它分享出去讓更多的人看到。

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