IsoSeq3怎么安裝

今天小編給大家分享一下IsoSeq3怎么安裝的相關(guān)知識(shí)點(diǎn)，內(nèi)容詳細(xì)，邏輯清晰，相信大部分人都還太了解這方面的知識(shí)，所以分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后有所收獲，下面我們一起來(lái)了解一下吧。

參考官方的安裝說(shuō)明，采用Anaconda 進(jìn)行安裝，步驟如下：

1 下載最新版本的Anaconda  
2  參考安裝說(shuō)明，安裝Anaconda。并將Anaconda的bin目錄加入到系統(tǒng)PATH環(huán)境變量  
3 測(cè)試conda是否安裝成功，并更新到最新版本

conda -V   
conda update conda

4  創(chuàng)建一個(gè)虛擬環(huán)境,命名為anaCogent5.2(這個(gè)名字可以自己定義），采用python 2.7版本

conda create -n anaCogent5.2 python=2.7 anaconda
source activate anaCogent5.2

5 配置國(guó)內(nèi)鏡像，加快軟件安裝速度  
有時(shí)候，安裝這些包的速度比較慢，還可能中斷，主要原因是Anaconda的服務(wù)器在國(guó)外?？梢該Q成國(guó)內(nèi)的鏡像，加快下載速度。目前清華大學(xué)那邊提供了鏡像，其配置方法如下：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

6 安裝依賴包biopython  bx-python

conda install -n anaCogent5.2 biopython
conda install -n anaCogent5.2 -c http://conda.anaconda.org/cgat bx-python

7 安裝iso-Seq3 和 LIMA

conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda isoseq3
conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda bamtools  
conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda pysam

以上就是“IsoSeq3怎么安裝”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家閱讀完這篇文章都有很大的收獲，小編每天都會(huì)為大家更新不同的知識(shí)，如果還想學(xué)習(xí)更多的知識(shí)，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。