HECIL怎么用

發(fā)布時間：2022-03-19 10:24:15 來源：億速云閱讀：123 作者：小新欄目：開發(fā)技術(shù)

這篇文章主要為大家展示了“HECIL怎么用”，內(nèi)容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領(lǐng)大家一起研究并學(xué)習(xí)一下“HECIL怎么用”這篇文章吧。

HECIL(Hybrid Error Correction of Long Reads using Iterative Learning): 這是一款基于二代數(shù)據(jù)比對，采用迭代學(xué)習(xí)的方法對pacbio 等長讀長序列進(jìn)行糾錯的軟件。

1. 軟件的安裝

安裝比較簡單，從github 上下載下來即可。

git clone https://github.com/NDBL/HECIL.git 
cd HECIL
# 設(shè)置如下軟件和腳本具有可執(zhí)行權(quán)限，這一點(diǎn)非常的重要。
chmod +x bwa samtools Align_Corr.sh

如果遇到samtools, bwa 依賴那個包，需要自己去安裝相應(yīng)的包,比如我在運(yùn)行bwa 過程中，就需要依賴“/lib64/libc.so.6” 這個，解決方案就是自己從新下載一個bwa ，進(jìn)行安裝

2. 軟件的運(yùn)行

軟件是一個python 腳本，所以運(yùn)行時需要有python 2.7。

usage: HECIL.py [-h] -l LR -s SR -len LENGTH_SR -o OUTPUT [-lc LOW_CONFIDENCE]
                [-c CUTOFF_QC] [-k CONFIDENCE_THRESHOLD]

參數(shù)說明：

-l : 長序列文件，fasta 格式

-s: 短序列文件，fastq 格式

-len: 短序列的長度

-o: 輸出目錄的名稱

以上是“HECIL怎么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！

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