Bowtie2使用方法與參數(shù)的示例分析

這篇文章主要介紹了Bowtie2使用方法與參數(shù)的示例分析，具有一定借鑒價(jià)值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

使用bowtie2進(jìn)行段序列比對(duì)的步驟一般如下：

1.對(duì)參考序列構(gòu)建index

bowtie2-build genome.fasta index

2.序列比對(duì)

bowtie2  -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam

必須參數(shù)：

-x <bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前綴。

-1 <m1>雙末端測(cè)尋對(duì)應(yīng)的文件1?？梢詾槎鄠€(gè)文件，并用逗號(hào)分開；多個(gè)文件必須和-2<m2>中制定的文件一一對(duì)應(yīng)。

-2 <m2>雙末端測(cè)尋對(duì)應(yīng)的文件2.

-U <r>非雙末端測(cè)尋對(duì)應(yīng)的文件?？梢詾槎鄠€(gè)文件，并用逗號(hào)分開。

-S <hit>所生成的SAM格式的文件前綴。

輸出參數(shù)：

-t/--time --un <path> 將unpaired reads寫入到<path>.

--un-gz <path> 將unpairedreads寫入到<path>, gzip壓縮.

--un-bz2 <path> 將unpairedreads寫入到<path>, bz2壓縮.

--al <path> 將至少能比對(duì)1次以上的unpairedreads寫入<path>.

--al-gz <path> ... ,gzip壓縮.

--al-bz2 <path> ... ,bz2壓縮.

--un-conc <path> 將不能和諧比對(duì)的paired-endreads寫入<path>.

--un-conc-gz <path> ... ,gzip壓縮.

--un-conc-bz2 <path> ... ,bz2壓縮.

--al-conc <path> 將至少能和諧比對(duì)一次以上的paired-endreads寫入<path>.

--al-conc-gz <path> ... ,gzip壓縮.

--al-conc-bz2 <path>... ,bz2壓縮.

Sam 參數(shù)：

--no-unal不記錄沒比對(duì)上的reads.

性能參數(shù)：

-p/--threads NTHREADS 設(shè)置線程數(shù).Default: 1

--reorder 多線程運(yùn)算時(shí), 比對(duì)結(jié)果在順序上會(huì)和文件中reads的順序不一致, 使用該選項(xiàng), 則使其一致.

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