怎么用R語(yǔ)言apply批量進(jìn)行t.test

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批量t.test

基于R語(yǔ)言讀取整個(gè)表格中的數(shù)據(jù)，并對(duì)每一行依次進(jìn)行t.test，如果寫成循環(huán)，運(yùn)算速度非常慢，可以利用apply()函數(shù)輔助完成計(jì)算過(guò)程。

譬如有如下數(shù)據(jù)，共2000行6列，對(duì)A組數(shù)據(jù)和B組數(shù)據(jù)進(jìn)行t.test計(jì)算：

> head(data,2)
                        A1   A2   A3   B1   B2    B3
TRINITY_DN100001_c0_g1 2.5 2.81 4.75 1.96 2.71  6.11
TRINITY_DN100002_c0_g1 0.0 0.00 0.00 0.00 0.00 40.45
> dim(data)
[1] 2000    6

基本函數(shù)為t.test()，并提取出返回值p.value，最終將所有p.value賦值給pvalue向量

pvalue=apply(data,1,function(x) t.test(x[1:3],x[4:6],paired = T)$p.value)

返回結(jié)果中針對(duì)第一第二行數(shù)據(jù)的pvalue值如下：

> head(pvalue,2)
TRINITY_DN100001_c0_g1 TRINITY_DN100002_c0_g1 
             0.7165794              0.4226497

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