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如何采用biopython計(jì)算蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)

發(fā)布時(shí)間：2022-03-19 11:26:14 來(lái)源：億速云 閱讀：313 作者：小新 欄目：開(kāi)發(fā)技術(shù)

小編給大家分享一下如何采用biopython計(jì)算蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)，希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲，下面讓我們一起去探討吧！

采用biopython 計(jì)算蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)

最近在做一些蛋白質(zhì)組的項(xiàng)目，項(xiàng)目中需要計(jì)算蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)。網(wǎng)絡(luò)上有很多網(wǎng)站能提供相應(yīng)計(jì)算服務(wù)，但是都是針對(duì)單條蛋白質(zhì)序列進(jìn)行計(jì)算，而我需要計(jì)算蛋白質(zhì)組中所有蛋白序列的等電點(diǎn)。采用Bioython中的幾個(gè)函數(shù)進(jìn)行計(jì)算，代碼如下：

from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis
from Bio import SeqIO
# 指定蛋白序列的fasta文件
protein_file = "protein.fasta"
# 遍歷每一條蛋白序列，計(jì)算等電點(diǎn)
for seq_record in SeqIO.parse(protein_file, "fasta"):
    p = ProteinAnalysis(str(seq_record.seq))
    # 等電點(diǎn)的計(jì)算函數(shù)是：isoelectric_point
    print(seq_record.id + '\t' + str(p.isoelectric_point()))

看完了這篇文章，相信你對(duì)“如何采用biopython計(jì)算蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)”有了一定的了解，如果想了解更多相關(guān)知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！

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