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這篇文章主要介紹“vcftools過濾如何指定缺失率的變異位點”，在日常操作中，相信很多人在vcftools過濾如何指定缺失率的變異位點問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”vcftools過濾如何指定缺失率的變異位點”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學(xué)習(xí)吧！
vcf 文件中很多snp在某些樣品中是缺失的，也就是基因型為 "./." 。如果缺失率較高，這種snp位點在很多分析中是不能用的，需要去掉。這時候就可以使用vcftools進(jìn)行過濾。用到的選項為--max-missing 。
運行以下命令：
vcftools --vcf snp.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --max-missing 1 > snp.new.vcf
--max-missing 后跟的值為 0-1 ，1代表不允許缺失，0代表允許全部缺失
最后，得到的vcf文件中snp位點都是沒有缺失的。
到此，關(guān)于“vcftools過濾如何指定缺失率的變異位點”的學(xué)習(xí)就結(jié)束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學(xué)習(xí)，快去試試吧！若想繼續(xù)學(xué)習(xí)更多相關(guān)知識，請繼續(xù)關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編會繼續(xù)努力為大家?guī)砀鄬嵱玫奈恼拢?/p>
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