agilent表達(dá)譜芯片注釋信息提取的方法

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不規(guī)范的表達(dá)譜芯片注釋信息提取

1、GEO數(shù)據(jù)庫中  agilent表達(dá)譜芯片由與其設(shè)計(jì)往往比較個(gè)性化，涉及的芯片型號很多，使用的Cy5/Cy3的雙色芯片 或者僅使用Cy3的單色芯片，數(shù)據(jù)上比較混亂，而GEO中提供的GPL信息文件格式和affymetrix  、illumina 的表達(dá)譜芯片對應(yīng)的GPL格式差別較大，雖然格式整齊，并不完全規(guī)范（相對于直接利用GEOquery下載芯片注釋文件而言）。

2、若直接下載標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)的同時(shí)，利用GEOquery下載對應(yīng)的GPL芯片平臺信息往往出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)，或者提取信息過程中出現(xiàn)提取錯(cuò)誤，這里針對 格式相對整齊統(tǒng)一的這種agilent表達(dá)譜芯片GPL信息 提供一種獲取的方法，在進(jìn)行芯片原始數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化的過程中直接獲得其中的注釋信息：探針和基因等對應(yīng)關(guān)系。

3、此處僅以單通道芯片數(shù)據(jù)為例： 案例數(shù)據(jù)GSE83902   基于limma包讀取數(shù)據(jù)，并進(jìn)行預(yù)處理，標(biāo)準(zhǔn)化之后，獲取的結(jié)果時(shí)一個(gè)EList對象，這個(gè)對象中包含了探針和基因之間的對應(yīng)關(guān)系，先對芯片中重復(fù)的探針檢測值取均值之后，獲取的還是一個(gè)EList（此處用averEList向量表示取均值后的返回結(jié)果）：

查看averEList 中對應(yīng)的genes信息，這個(gè)矩陣中包括了每一列信息如下 涉及探針ProbeName 和GeneName以及描述信息，之后提取保存即可：

> colnames(averEList$genes)
 [1] "Row"            "Col"            "Start"          "Sequence"       "ProbeUID"      
 [6] "ControlType"    "ProbeName"      "GeneName"       "SystematicName" "Description"   
> Probe=averEList$genes[,c("ProbeName","GeneName","SystematicName","Description")]
> head(Probe,5)
        ProbeName        GeneName  SystematicName
1 GE_BrightCorner GE_BrightCorner GE_BrightCorner
2      DarkCorner      DarkCorner      DarkCorner
4    A_23_P117082           HEBP1       NM_015987
5   A_33_P3246448           KCNE4       NM_080671
6   A_33_P3318220          BPIFA3       NM_178466
                                                                                               Description
1                                                                                                         
2                                                                                                         
4                                        ref|Homo sapiens heme binding protein 1 (HEBP1), mRNA [NM_015987]
5 ref|Homo sapiens potassium voltage-gated channel, Isk-related family, member 4 (KCNE4), mRNA [NM_080671]
6 ref|Homo sapiens BPI fold containing family A, member 3 (BPIFA3), transcript variant 1, mRNA [NM_178466]

注意： 不同芯片獲取的EList結(jié)果中可以EList$genes 獲取的矩陣涉及的列名不一致，具體情況具體對待

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