python如何讀取kegg繪圖配置文件中的kgml文件內(nèi)容

這篇文章將為大家詳細講解有關python如何讀取kegg繪圖配置文件中的kgml文件內(nèi)容，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

kgml

kegg有個kgml文件需要我們讀取里面的內(nèi)容，分享python代碼如下：

# -*- coding: utf-8 -*- 
'''
'''
import sys, os, argparse, glob, os.path,time
reload(sys)
sys.setdefaultencoding('utf8')
from pyh import *
import numpy as np
import math
import re
import xml.dom.minidom 
from xml.dom.minidom import  parseString, getDOMImplementation
from collections import OrderedDict
import urllib
import shutil
import codecs
import uuid
from PIL import Image
Bin=os.path.split(os.path.realpath(__file__))[0]    
##########################################################################
dom = xml.dom.minidom.parse(sys.argv[1])
root = dom.documentElement
ff=open(sys.argv[2],"w")
if root.nodeName=='pathway':
    for i in root.childNodes:
        if i.nodeType==1:
            if i.nodeName=='entry':
                link=i.getAttribute('link')
                #print link+'\n'
            for g in i.childNodes:
                if g.nodeName=='graphics':
                    type=g.getAttribute('type')
                    x=g.getAttribute('x')
                    y=g.getAttribute('y')
                    width=g.getAttribute('width')
                    height=g.getAttribute('height')
                    #print "%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n"%(type,x,y,width,height)
            ff.write("%s\t(%s)\t%s\n"%(type,x+','+y+","+width+","+height,link))

關于“python如何讀取kegg繪圖配置文件中的kgml文件內(nèi)容”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，使各位可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，請把它分享出去讓更多的人看到。