trinity如何下載安裝

小編給大家分享一下trinity如何下載安裝，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

trinity概覽 Trinity：是由Broad Institute 開發(fā)的轉錄組de novo組裝軟件，由三個獨立的軟件模塊組成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三個軟件依次來處理大規(guī)模的RNA-seq的reads數(shù)據(jù)。

trinity概覽


Trinity：是由Broad Institute 開發(fā)的轉錄組de novo組裝軟件，由三個獨立的軟件模塊組成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三個軟件依次來處理大規(guī)模的RNA-seq的reads數(shù)據(jù)。


trinity的下載與安裝


trinity最新版本是v2.8.5 下載官網在：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki


解壓：tar -zxvf Trinity-v2.8.5.tar.gz

cd trinityrnaseq-Trinity-v2.8.5

編譯：make
注意：trinity需要3.1以上版本的CMake ，記得將CMake更新成最新版本，并添加到環(huán)境變量中。

trinity的使用方法


命令：Trinity.pl --seqType fq --JM 50G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6

幾個重要參數(shù)介紹：

–seqType 支持輸入數(shù)據(jù)格式為 fq 或者 fa

–JM 內存設置 新版本v2.4.0沒有這一參數(shù)，由–max_memory代替 組裝過程中，jellyfish這一步是最耗費資源的一步 所以這個內存主要由jellyfish控制

如果是雙端測序：–left為read1 --right為read2 多個樣品的reads由逗號隔開，不允許出現(xiàn)空格  但是老版本如r20131110版 reads是由空格隔開，具體看不同版本的trinity的幫助文檔

如果是單端測序 參數(shù)為 --single 加上文件 多個樣品的reads由逗號隔開，不允許出現(xiàn)空格

–CPU 軟件所用線程

–SS_lib_type RF 鏈特異性文庫需要加上這個參數(shù)

–no_run_butterfly 不進行butterfly步驟，在Chrysalis這一步完成后中斷

–no_run_quantifygraph 不進行quantifygraph這一步 

–output trinity的輸出文件夾

–no_version_check 不匯報版本信息

注：trinity支持分步驟運行，但我認為必要性不大，因為分步運行的原因在于避免中途發(fā)生錯誤，但是trinity會自動檢測之前輸入，如果中途發(fā)生報錯，進行修改之后，再次投遞，會按照原輸出繼續(xù)跑，不會對之前結果進行覆蓋

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